在方以智的善惡論中存在兩種截然不同的“善”，即“有善惡對待之善，有不落善惡之善”。其中“不落善惡之善”就是先天性體之至善，而“善惡對待之善”則是後天與“惡”相對的“善”。這兩種善並非分別指向兩種性，其實隻是一性之兩麵說而已。“不落善惡之善”是極言其體，絕對的性體本身是無相的，不可以相對的善或惡狀之，故曰“至善”。按照“源善流惡，至善在善惡中”的說法，性之“至善”會流於後天的相對善與惡，並通過後天的善惡表現出來。“善惡對待之善”亦當指性而言，隻不過不是指本體自己，而是本體之表現。方以智論性善的另一個與眾不同的特點就是：他不以《孟子》的“四端之心”來說性善，而是依據《中庸》、《易傳》、《詩》等，如“於穆不已，無聲無臭，未發之中，稱之為善”即是。
（一）“無善無惡乃至善”與“性與善非二也”
在理學傳統中，無論理學家的思想如何分歧，孟子的性善論是所有理學家所共許的。在儒釋道三教交融日益密切的明清之際，思想家是否堅持性善論的基本立場，成為分判其思想歸宗的關鍵所在。方以智對“至善”的界說，既有陽明的“無善無惡心之體”之義，又有回歸北宋諸儒（尤其是程明道）由《周易》和《中庸》為入路、緊扣“天命之謂性”與“繼善成性”來論性善的思想特征。他基於“一在二中”、“體在用中”所提出的“至善在善惡中”的說法，又顯示出獨特的個性特色。
先看方以智如何論性善的，他說：
新建曰：“無善無惡心之體，有善有惡意之動。”或駁之，非也。無善惡可言者，善至矣。京山曰：“繼善成性，非有次第先後也，強分疏之示人耳！”性與善非二也，猶乎理也：於穆不已，無聲無臭，未發之中，稱之為善可也；無者善之長，曰明善，曰止至善，皆性也。善之渾然即無，無之粹然即善。空中之色，色可無，空可無乎？至善豈有對待乎？言本體者，猶言本色也。本色者，素也；染畫加彩，彩不加者，其地也，留其素而已。謂本體為善，猶本色為素也。龍溪專主四無，學單提耳。[1]