“公心寓於獨心中”或“不生滅心在生滅心中”與“公性在獨性中”一樣，同為“一在二中”這種理論在心性方麵的具體應用。“公心”就是永恒的“不生滅心”，他說：“氣習聚者散，而大心無聚散。”[81]“大心”是就“公心”之“足塞天地”而言，其實一也。“大心無聚散”，故名之為“不生滅心”，皆為超越的道德創造之本心、仁心。本心、公性與天道一體，同為無相無跡的、絕對的“一”；“獨心”或“心包絡”屬氣質層，相對絕對的道體而言，“獨心”等同於物而為相對之“二”或“多”。相對“公心”而言，“生滅心”或“獨心”亦有二義。其一，相應“公心”的普遍性，“獨心”就是具體的、經驗的心，它既指生理意義上的“肉團心”，又指認知之心。這種經驗之心，相對於“公心”而名為“獨心”，相對於“大心”則名為“小心”，皆為朱子所謂“肺肝五藏之心”[82]。其二，相應“公心”之無思無慮、不立一意而言，“獨心”又泛指私心，馳於外物之心。
鑒於上述“公心”與“獨心”之義，“公心寓於獨心中”既可指心與物之關係，又可指心（性）與情、公與私之關係。心物關係下文有專節述之。關於公（心）與私（情欲）之關係，方以智提出“情由性發，性由情顯”，這是合乎“一在二中”義理邏輯的，本文第三章第二節詳論之。下麵重點考察作為認知之心的“獨心”（或小心）與“公心”的關係。“小心”對治“質測”之學，而“公心”則關乎“通幾”之學。“質測即藏通幾”、“心不用而用小心”和“心物不二”皆以“公心寓於獨心中”為理論基礎。
（一）“心不用而用小心”——由“質測即藏通幾”說起
“質測即藏通幾”是方以智“坐集千古之智”、“借遠西為剡子”的重要思想結晶。侯外廬先生是此命題的最早詮釋者，他認為“質測即藏通幾”揭示了科學與哲學的關係。[83]目前，學術界對“質測即藏通幾”的理解大致本於侯先生所論，如張學智教授認為：“質測是一種實證的知識活動，……通幾是從個別推知一般，從可見的物理推知不可見的道的哲學活動。”[84]郭齊勇教授解釋說：“就其最直接的涵義而言，是說具體科學本身就含著哲學的道理，或者說，哲學的道理也就表現在具體的實證科學之中。”[85]羅熾教授將此命題與“通幾護質測之窮”放在一起解釋說：“一方麵是自然科學中包含了哲學認識方法論，另一方麵是哲學認識方法論指導自然科學的進一步深入，兩者相輔相成。”[86]以上種種解釋不能說為錯，但並不十分準確。他們雖然發掘了中國傳統哲學命題中所蘊涵的現代意義，但也遮蔽這一命題所固有的豐富內涵。其主要原因是對這一命題中的三個關鍵詞（“質測”、“通幾”、“藏”）的解釋不夠深入，尤其是忽視了與該命題相關的“公心寓於獨心”及“心不用而用小心”等說法，因而給人一種非常突兀的感覺。