“公性在獨性中”是方以智論性的顯著特點和最著力處。在論道氣關係時，他常用“一多相貫”、“一在二中”來說明道氣之間“不離”、“不落”之關係。於穆不已之天道“流注”於個體以為性（“公性”），性與天道同為創生之神，二者同質異名。“公性”是絕對的“一”，是“獨性”之所以然者；“獨性”各殊，是“生後之氣質”，故為“多”，亦是氣。所以，在方以智看來，“一在二中”這種道器之間的關係，同樣適用於“公性”與“獨性”。
（一）“性命不可一”與“性命之不可二”
先看方以智論“公性”與“氣”（命）的關係，他說：
不待生而存，不隨死而亡者，性體也。此性命不可一者也。命以氣言，終無氣外。理為氣之所依，性以理言，終無理外。氣為理之所托，如波**水，全水在波，如水成波，全波是水。此性命之不可二者也。四端之心，盡乃能知性，而知性即所以知天。彼求知天於陰陽之說者，外矣。幾希之心存，是為養性，而養性即所以事天。彼求事於主宰之帝者，疏矣。知所謂性，而存心以敦其養，善養其性，而盡心以成其知。……孔子之言相近，以其受變於氣之分數言之也。孟子之道性善，以其不受變於氣之本體言之也。程子之言生之謂性，豈告子之生之謂性乎？告子混氣於性而執其生，如謂影是月。後儒外氣於性而執其理，如謂水非水。然告子之執，斷不可恃，而後儒之執不嫌於晰，何也？何以緣所遺者，立心之名於緣外，獨不可以氣所聽者，聳理之名於氣外乎？此明於孟子之不謂，以明子思之謂也。[94]
上述總論“公性”與“命”（其實是“氣”）之關係。先疏理上述“性命不可一”之意。方以智先以“不待生而存，不隨死而亡者，性體也”說明“性體”的絕對性與永恒性，以顯其至尊地位。“命以氣言”，此“命”當為氣命、偶命，而非天命，它沒有必然如此而不如彼的理由，非由性體或天道所貞定的價值性命，張載亦有此論，如他說：“故論死生則曰‘有命’，以言其氣也。”[95]“性以理言”，這是理學家所共許者，又名“義理之性”，方以智名之“公性”，其實一也。與理學家一樣，方以智言道、理、神、虛、神或太極，其目的皆結穴於此“性體”，它是彰顯道德主體的超越根據。人人完具此體，不隨君子、小人之氣質之別而有異，此即上述“孟子之道性善，以其不受變於氣之本體言之也”。本體之善雖同，但是，實踐上的善，表現卻不盡相同，這不單純是天命之事，畢竟英雄之氣分數多，上述方以智謂“孔子之言相近，以其受變於氣之分數言之也”即是。程明道曰：“義理與客氣常相勝，又看消長分數多少，為君子小人之別。”[96]盡管人人完具此永恒、普遍之“公性”，但在道德實踐上之表現，卻“受變於氣之分數”，因此有君子與小人之別。聖人通體是德，全氣是神，不誘於氣，故曰“聖體”，實為“性體”或“道體”；小人反之，隻求軀殼之欲，順自然之氣質，淹沒了孟子所謂“悅我心”者，顏元說：“世間人隻為‘溫飽’二字，耽擱了多少英雄，埋沒了多少人品！夫子就此地掃興他一場，直令膏粱子弟、肥馬輕裘者無立身處，衣敝縕袍不恥，隻是‘誌’好。”[97]意即，先要做個人，立其大本，才有英雄經世之用，此之謂“先立乎其大者，則其小者弗能奪也。”（《孟子·告子上》）若隻是奮個人之自然生命強度，全在氣中橫衝直撞、滾來滾去，則非立體致用之英雄，最終順自然律而萎靡，此之謂“趙孟之所貴，趙孟能賤之”（《孟子·告子上》）。故方以智謂“告子之執，斷不可恃”。