方以智所稱“獨性”主要包括兩個方麵的內容：一是物類之間的“克製生化之性”；二是就後天之質而言其靈蠢各殊。相對“公性則一”而言，“獨性”的特點是：第一，獨性是多。無論是“物類”之性，還是“靈蠢”之性，皆是多相。第二，“獨性”皆就物之“質”而論，屬形下之氣。“獨性”是經驗主義或自然主義意義下的描述之性，“獨性”是“小心”的認識對象。當然，這兩種“獨性”亦有不同處。
（一）“物類”之性
《物理小識》是方以智早期自然科學類著作，該著根據物類性情之異，將研究對象分為十五大類，以征其間“克製生化之性”，達到“因其性而用”之目的。
在《物理小識》中，他稱“物類”之性為“獨性”，如他說：
氣行於天曰五運，產於地曰五材。七曜列星，其精在天，其散在地，故為山、為川、為鱗、羽、毛、介、草、木之物，聲色臭味，別其端幾。黃帝論人亦以五，五約之正，謂獨性各別，而公性則一。[76]
此處“獨性”即指山、川、鱗、羽、毛等物類之性，“黃帝論人亦以五”是指《黃帝內經》中黃帝所言“天有四時五行以生長收藏，以生寒暑燥濕風。人有五髒化五氣，以生喜怒悲憂恐”一語。方以智言“物類”之性，深受《黃帝內經》的影響，其自述曰：“先曾王父本庵公精醫學，以為人子須知。先王父廷尉公曰：‘三才之故，身建天地，《靈》《素》不可不學也。’”[77]
“物類”之性乃就“質”而論，他說：“蜜成於蜂，蜜溫而蜂寒；油生於麻，麻溫而油寒，同質而異性也。”[78]即是說蜜與蜂、油與麻是同質的，而特性不一。從“氣之質”和“物之性”方麵將事物分成不同的類，是《物理小識》探究萬物之間“相同則相求”、“相克則相製”的研究方法。方以智對“質”和“物”的定義和使用，與理學家們訓“物”為“事也”有很大的不同，表現出強烈的認知傾向。