方以智言性大致分為兩層，即超越地說“公性”與經驗現象地說“獨性”。其“公性”說大致遠本《易傳》“繼善成性”、《中庸》“天命之謂性”及《孟子》“盡心知性知天”之說，又近取程顥“仁”說及張載“天地之性”，等等，這是一種道德的、絕對的、普遍之性。其“獨性”說，較為複雜，既有告子的“生之謂性”義，又有近代西學傳入的“物性”義，“物性”是一種相對的、各殊之性。方以智言“獨性”，可察其“折中”[1]的思想傾向。從其思想發展的動態過程來看，其早年所言“性”，多指“獨性”，尤以《物理小識》為代表；而中晚年言性，多指“公性”，尤以《一貫問答》、《東西均》、《易餘》為代表。
“天地之性”與“氣質之性”之二分，始於張載，後經伊川發揚，至朱熹而盛。方以智的兩層“性”尤顯獨特，他一般不沿用“氣質之性”和“義理之性”等常規講法，而是分別稱以“獨性”、“公性”；他言氣質性的“獨性”主要不是為了“變化氣質”（當然他亦有此意，如在工夫論上要求“反”即是），而是要強調“公性在獨性中”，肯定獨性的存在意義，從而為種種人情的合理性建立起堅實的人性論基礎，體現了理欲對立的人性論在明清之際有所鬆動的時代特征。