方以智對道體（其實亦是仁體、心體、性體、聖體等）的“圓滿周遍”、“不落有無”之義，進行了極富個性特色的創發。與眾不同的是：他很少直接就道體、仁心本身來說其“圓滿周遍”性，而是寄喻出意（如“全樹全仁”），或以“善巧而理數之”的方式分別將道體與萬象抽象化為絕對的“一”與相對的“二”，再用“一在二中”、“舉一明三”等來顯明此義。這種思維水平的提升，使得程伊川的“體用一原、顯微無間”義發展到極致。同時，這亦成為他批駁“懸道於器外”而荒廢“研極實學”的時下學風，以及在境界論上認為王學末流“死執無所得之半邊”（即“上一點”之道體）是“癡守影事，俱屬魔光”的理論根據。
如果將經驗知識植於儒家道器關係中進行考量，那麽，經驗知識應該屬於氣一層，專業人才或職業技藝則為“器”。按照道器圓融之關係，名物度數等經驗知識理當受醇儒的重視，可實情並非如此。理學家們出於建體立極之需，他們視性命為精、形跡為粗，甚至黜氣抑象，致使原有的道器、理氣圓融關係，成了你死我活之爭勝，如張載曰：“德不勝氣，性命於氣；德勝其氣，性命於德。”[168]儒家義理發展至宋明，日益廣大精微，但卻偏於涵養心性、立大本，外王的理想反倒隱伏不彰。方以智說：“儒之弊也，迂而拘，華而荏……專主空悟，禁絕學問。”[169]雖然宋儒學術有其不得已的時代使命[170]，但是，單就學術自身問題而言，確有方以智所指責的偏高之失。
方以智並非站在功利的立場上批駁理學家，他批評理學的空疏之弊，卻並沒有因此廢失傳統的道德形上學。他用“全樹全仁”來闡明“上藏於下而無上無下”的道氣圓融關係，諸如培根、護幹、除蟲、收實等經驗性的勞作，就是求道。從思想淵源上看，方以智有關道氣關係的論說，更多是繼承了北宋程明道的“識仁”之法。不同的是：程明道等理學家重在立體，方以智則體用雙顯，而尤重“培根也，護幹也，除蟲也，收實也”等被理學家視為“粗跡”的經驗性活動。更為重要的是，“一神於二，即器是道”[171]不僅肯定了各種實學（包括“質測”之學）之於“道”的必要性，而且賦予各種職業活動一種特殊的倫理意義。內在道德固然重要，經驗知識亦不可廢，天理與人欲、德性與事業，相即不離，這才是程伊川“體用一原、顯微無間”之意境的合理闡釋。反之，貶抑實學並不合儒家體用圓融、立體致用的基本精神。另處，道器關係亦說明了“器”本身不是目的，求“道”才是最終目標；實學不再是無關道德的純粹事功主義，其中蘊涵與絕對善相統一的崇高的精神信念。如今，工具理性日益盛行，科學出於純粹實用之目的，誰還會相信：各種科學技術能給人們有關世界的終極意義呢？如果不能賦予實學以超越的倫理意義，則科學之利必多其弊，其直接後果將是一個破碎的世界。明末清初學者如徐光啟、李之澡等雖然熱衷於近代西方科學技術，但卻丟掉了儒家的道德目標，最終隻能投入耶教之懷抱，這就是為什麽純粹的功利主義在儒家體係中毫無位置的原因。