“舉一明三”是方以智體用論十分重要的內容，甚至可以說其中包含了他有關體用論的全部內涵。此論是在“一在二中”的基礎上，並結合佛教“一心三觀”的思想伸發而來。“舉一明三”實有兩種不同的涵義：其一，他以此進一步著顯了“一在二中”、“一多相即”的體用圓融論；其二，“舉一明三”有不同於理學家們認可的“體用一源，顯微無間”義，這隻能算是方以智的一家之言，或其思想的獨創之處。
（一）“舉一明三，即是兩端用中”的體用圓融義
其實，“一在二中”、“一多相即”已抽象地表明了體用圓融之意，但“一在二中”或“體在用中”畢竟有個“在”之在，有“執一”或“執二”之可能性。單從字麵上理解，易理會為“某物在某物中”之義，難免有“一”（體）與“二”（用）之分。方以智在“一在二中”的基礎上，去掉其中的“在”字，使“一在二中”演變為“舉一明三”，以此盛著道體或聖體的“無執”、“不落”、“不離”義。
他在《一貫問答》中說：
一多相即，便是兩端用中；舉一明三，便是統體相用。若一多相離，體用兩橛；則離一貫之多識，多固是病；離多識之一貫，一亦是病。最捷之法，隻從絕待處便是。兩間無非相待者，絕待亦在待中，但於兩不得處，即得貫幾。以先統後，即無先後；二即是一，則無二無一。孟子“塞”字，最為得神。子思剔出“至”字，《易經》標出“太”字，此與“超”字、“統”字、“化”字、“無”字，俱是一樣。[123]
這段話晚出，它是方以智論“舉一明三”最通明無礙、又最為圓融之語，可謂其思想之定論。先看“一多相即，便是兩端用中”一語，“一多相即”是圓融地說道不離器、即器是道；換言之，就是“一在二中，二即是一”；這種道器如如的狀態“便是兩端用中”，即是“全樹全仁”。方以智言“兩端”僅就道器論。“即器是道”便是現實物的“中和”態（此“中”與“中五”之“中”表天道不同），但畢竟道是道、器是器，並不礙道器之“兩端”。兩種意義結合起來看，就是“一多相即，便是兩端用中”。“一在二中”僅是數字化、抽象的說法，用孟子的話來說“一在二中”之“在”就是“塞”，所以他說“孟子‘塞’字最為得神”。知此，方以智所謂“若一多相離，體用兩橛；則離一貫之多識，多固是病；離多識之一貫，一亦是病”就不難理解了。“離一貫之多識”是純粹事功，是氣魄承當，用王陽明的話來說，是“失去頭腦”，是“已落在第二義矣”[124]，其結果必然是方以智所謂“營營相逐”，成為“拖屍以趨死”[125]之物；“離多識之一貫”是方以智所言“神錢掛樹，相紿取食”[126]，“一”亦成為“影事”與“魔光”。