方以智以“一在二中”這種抽象的特殊形式，集中地論述與總結了北宋以來關於道與器、心與物之間的關係。“一在二中”除了含有“道寓於器”、“藝外無道”和“寓神於跡”之“不離”、“不落”（或曰“不執”）這種基本內涵之外，還有“二皆本乎一”、“舉一明三”、“一多相即”等多種意蘊。
“一在二中”是“道寓於器”或一多關係最抽象的說法。在不同的語脈環境中，各有具體的表述方式，如：“太極藏身於一切爻”、“全樹全仁”、“貫虛實”、“內學一，外學多”、“公因在反因中”、“絕待在對待中”、“公性在獨性中”、“公心在獨心中”、“至善在善惡中”、“中天貫先、後天”，等等。如果這些還不足以明，他甚至說“隨立一名，皆可遍推，皆可同際”[32]。故關鍵處，要講明“一在二中”，其餘所示之理，均同。
（一）“仁一，而甲坼之芽即二”——“有一必有二”論
方以智說：“有一必有二，二皆本於一，豈非天地間之至相反者，本同處於一原乎哉！則善惡是非之未分，可覿露矣。”[33]“同處於一原”意謂萬物皆受天道仁體的浸潤，皆本於仁，無存例外者；“仁”（即“一”）與“樹”（即“二”）相即不分，沒有“樹”外之“仁”，“離二則一死”即此意。但這並不礙分解地說“一”與“二”，此乃方以智所謂的“善用分別之智”。“有一必有二”至少有兩義：第一，就是他說的“一不住一”和“凡核之仁必有二坼”之“生”意。第二，“一在二中”或“全樹全仁”意。即不得離“二”求“一”、離用求體，這就是他所說的“太極非陰陽，而陰陽即太極”。
先從“一”之“生”意說起。他說：“兩間無不二而一者，凡核之仁必有二坼，故初發者二芽，所以為人者亦猶是矣。”[34]人與萬物一樣，皆由仁之所貫、所生。“於穆不已”之“一”所以有創生之意，就在於它就是“仁”，或曰作為天道的“一”即是仁體。如何理解仁生萬物呢？方以智說：