方以智出言忽起忽落且支離難解，然於“一在二中”、“舉一明三”之論卻是相對比較集中，其意亦較明了。自其披緇之後，從論說的集中程度上說，沒有可以與此論相媲者。如果說在早年的《通雅》、《物理小識》中，“博乃能約”、“質測即藏通幾”這種“一多相即”的思想還隻是“一在二中”的雛形；那麽，在其中年《易餘》、《東西均》等著中則舍“考據”與“質測”，集中論說“一在二中”、“舉一明三”的道理；在更晚的《一貫問答》中，則幹脆“全身滾入事中”，所見全是“一”，亦皆為“多”，萬物一體之境乃最終圓成。在一定程度上說，方以智的心性論，就是在對“一多相即”、“一在二中”的詮釋過程中漸趨圓熟的。
體用圓融：圓者，圓滿無遺，即他所說“診知此一法身圓溢周洽，則九十九萬毛竅皆太極也”[1]，“道體常而盡變，一隅不足舉之”[2]；融者，通一不隔，即他所說“貫則為一”、“萬物一體”以及“全樹全仁”等。體用是一般用語，在方以智，即為道器、仁樹或“一”“二”。此“道”或“一”既客觀為天道仁體、神體，亦主觀為心、為仁。他早中年多以“至理”、“所以然者”、“太極”、“公因”等顯客觀之天道，而晚年則多以道德本心著道。