一、魏晉時期的學校教育
東漢末年至三國鼎立時期，由於戰亂曆久，社會各層次教育都處於停擺狀態。東吳和蜀漢建立後，由於國力弱小，基本沒有精力整頓教育。隻有曹魏曾對由於戰禍而荒廢的太學製度進行了一定程度的恢複和發展。魏文帝曹丕製定了五經課試的方法，使考試與選拔結合在一起。五經課試承襲了東漢桓帝所製定的依通經多少而授予官職大小的辦法，有利於提高太學的教育質量，對後世有很大影響。
西晉太學是曹魏太學的進一步發展，太學生人數達到了七千餘人，並且隨著當時社會士庶分化的加劇，太學生中也出現了門人、弟子、散生、寄學、寄學陪位等不同位等。西晉除繼續興辦傳統的太學外，還專為士族子弟另設國子學，其招學對象須為五品以上官員的子弟，傳授內容與太學相同。國子學的設置，使中央官學開始呈現多樣化、等級化的態勢。西晉滅亡以後，東晉在江南建國，大量中原士大夫紛紛南徙避亂，雖然東晉政府以這一批知識分子為中心，也修建了太學，但東晉興學並不是想通過學校來培育人才，而是借以粉飾太平。加上由於君權薄弱，內亂屢起，學校受政潮影響，時興時廢，可有可無。
由於魏晉時期時局變亂叢生，地方教育也受到很大影響。州郡學校大都在平靖時開設，在變亂時則停閉。東晉雖然年代較長，但由於權在地方，地方教育往往由封疆大吏自發提倡，因此各地很不平衡，也沒有統一或長久的教育規劃。
此外，兩晉時期儒學已顯示出頹勢，學校課程雖然仍以儒家五經六藝為主。但當時學風已轉變為以究習老莊為時髦，雖然官方一再提倡儒學的正統地位，但效力衰微。
二、南朝的學校教育
南朝在政治上重用儒林學者，並下詔令，選官不通一經者不得為官，這種用人製度，有力地促進了教育的發展。南朝宋時期，社會較為安定，官學也迎來了短暫的繁榮時期。宋文帝於元嘉十五年（438年）在京師設置了四學館，分別是研究佛老學說的玄學館、研究古今曆史的史學館、研究辭章的文學館、研究經術的儒學館。四學館分設於京師四處，主持學者也是根據其學術專長分管各館。四學館的興建在教育史上具有一定的貢獻，它開了中國古代設置專科學校的先河，並打破了漢魏以來中央官學以儒家經典為內容的局限，擴大了中央官學設置的範圍，也反映了當時社會思想文化領域的實際變化。