當前財政支持民辦職業院校發展所麵臨的問題和挑戰主要有以下幾點。
（一）產權不明晰，麵臨諸多法律和政策上的限製
第一，民辦院校的法人屬性被界定為民辦非企業法人，既非“企業”，也非“事業”。而在現實中，民辦院校既要履行企業法人的一係列義務，也享受不了事業法人的優惠政策。而且出資者不能轉讓，資本不能隨法人財產權的擴大而擴大。法律和政策上的矛盾使得民辦院校無所適從。第二，當前的《民辦教育促進法》對民辦院校的收費標準的規定因缺乏操作辦法而難以落實。第三，民辦院校缺少在稅收、土地、融資等方麵的相關政策支持，難以享受與公辦院校同等的法律地位。以稅收為例，由於民辦院校的法人屬性和相關部門稅收優惠政策支持的缺乏，民辦院校享受不到與公辦學校同等的稅費優惠待遇。第四，土地和學校資產不能抵押，民辦院校缺乏融資擔保服務平台。這些問題都影響了民營資本進入職業教育的積極性。
（二）民辦院校教師的社會保險和養老保險相對較低，亟待提高
由於民辦院校未被納入事業單位保險體係，教職工社會保險繳納按和退休後的養老金都按企業標準進行，遠遠低於公辦院校教職工的養老金待遇（前者約為後者的25%～45%）。民辦院校的教師在福利保障方麵難以實現與公辦院校教師的同等待遇，導致師資隊伍流動性大，出現了很多骨幹教師“評上職稱就跳槽”的現象。師資隊伍的穩定性差已經成為阻礙民辦職業院校發展的主要障礙之一，師資隊伍的建設會直接影響到職業教育的內涵建設。
（三）在競爭財政專項資金方麵，民辦院校所獲得的機會較少
由於自身基礎相對薄弱，民辦院校在參與政府部門組織的各種專項項目申請時，比如教師培訓、出國學習、橫向委托的科研項目等，往往競爭不過公辦院校，民辦院校能夠獲得的專項項目較少。並且，在有些地方，民辦院校即使成功申請到了專項建設項目，也無法獲得應有的財政支持，往往“有名無實”（有稱號無資金），需要自籌資金。這些都影響了民辦院校參與財政專項項目的積極性。