民辦教育“一法一例”（即《民辦教育促進法》及其實施條例）的頒布實施，實現了民辦教育的有法可依，使大量民辦學校具有了合法地位，也促進了我國教育法律體係的完善。但由於《民辦教育促進法》在民辦學校的定位和定性上存在混淆，既一概認同其為非營利性事業，又允許其取得合理回報，承認學校舉辦者是出資人，導致民辦學校扶持和優惠政策難以落地。[25]因此，其促進作用有限，也造成民辦學校公共財政資助缺乏必要的考量與規範，教育公平受到挑戰。2013年9月，《民辦教育促進法》被納入國務院法製辦教育法律修訂計劃向社會征求意見。
2016年11月7日，第十二屆全國人大常委會第二十四次會議通過了《關於修改〈中華人民共和國民辦教育促進法〉的決定》。此次修法的一個重要目的與內容是將民辦學校分為非營利性和營利性兩類，並在民辦學校的扶持、稅收和土地優惠、辦學收益、收費及剩餘財產處理方麵對兩類學校分別做出不同規定。實施民辦學校的非營利性和營利性劃分，有利於國家依據民辦學校的不同類型設計具體規範，對落實《民辦教育促進法》關於“促進民辦教育事業的健康發展”的立法宗旨具有積極意義。
新修改的《民辦教育促進法》於2017年9月1日起正式施行。此前，為保證舉辦營利性民辦學校的合法性及法律體係的統一、協調，第十二屆全國人大常委會第十八次會議於2015年通過了修改《教育法》和《高等教育法》的決定。《教育法》原第二十五條規定的“任何組織和個人不得以營利為目的舉辦學校及其他教育機構”修改為“以財政性經費、捐贈資產舉辦或者參與舉辦的學校及其他教育機構不得設立為營利性組織”，刪除了《高等教育法》原第二十四條設立高等學校“不得以營利為目的”的規定。2017年1月18日，教育部等部門又發布了《民辦學校分類登記實施細則》《營利性民辦學校監督管理實施細則》，對兩類民辦學校的登記及營利性民辦學校的監督管理做出具體規定。