（一）質量風險
辦學質量是民辦學校的生命線和核心競爭力。我國民辦教育風險防範，經過了早期關注生存風險、穩定風險到《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》實施後更加關注質量風險的價值嬗變。長期以來，我國民辦教育過分強調以速度和規模為導向的粗放式發展路徑，忽視質量和效益為導向的內涵式發展。由於人才培養目標錯位、專業課程設置不合理、師資結構不穩定、生源質量較低等原因，導致畢業生就業質量和學校社會認可度普遍較低。分類管理背景下，麵對國內外教育環境的深刻變化，民辦學校隻有持續提高其辦學質量才能立於不敗之地。《促進民辦教育健康發展的若幹意見》（2016年）對提高民辦學校辦學質量主要從三個方麵提出了要求：一是明確學校辦學定位。積極引導民辦學校服務社會需求，更新辦學理念，深化教育教學改革，創新辦學模式，加強內涵建設，提高辦學質量。二是加強教師隊伍建設。要求將民辦學校教師隊伍建設納入教師隊伍建設整體規劃，全麵提升教師師德素養、業務能力和水平，關心教師工作和生活，吸引各類高層次人才到民辦學校任教。三是引進培育優質教育資源。鼓勵支持培育高水平、有特色的民辦學校，整體提升教育教學質量，著力打造一批具有國際影響力和競爭力的民辦教育品牌，著力培養一批有理想、有境界、有情懷、有擔當的民辦教育家。因此，如何科學定位學校發展、正確選擇發展路徑、強化學校內涵建設、提升辦學質量就成為當前和今後民辦學校風險防控的重點之一。
（二）政策風險
如同任何事物都具有兩麵性一樣，任何政策或製度在落實過程中，既可能產生法規政策要求的，契合立法者立法意圖或製度設計者設計初衷，具有建設性或積極作用的正向價值，也可能產生立法者或製度設計者無意追求卻偏偏可能出現的具有破壞性和消極作用的負效應或反向功能，諸如曾經飽受爭議的“合理回報”製度一樣。這表明政策本身也具有一定的風險性。分類管理後，在很多方麵會打破民辦學校固有的利益格局。意味著民辦學校長期以非營利法人為假設條件，以捐資辦學模式為參照的非對稱性的政策管理模式嬗變為營利性與非營利性“分類”“分管”的對稱性管理模式；意味著舉辦者、民辦學校、利益相關者之間的權利、義務、責任將由混沌不清變得涇渭分明；意味著“舉辦者利益優先”的妥協性資源配置方式將逐漸讓渡於多元利益主體均衡發展的資源配置方式。[13]特別是圍繞分類管理的一些關鍵性問題，諸如如何確定政策過渡期、如何轉為非營利性民辦學校、如何進行財務清算、資產確權、剩餘財產分配等問題，新《民辦教育促進法》規定的都比較粗糙，需要地方教育主管部門和相關部門進一步的製度創新和高度的協同協作。目前全國大多數省（自治區、直轄市）相繼出台了本地區民辦教育分類管理的配套政策，但整體而言，各地規定不盡平衡，分類扶持優惠力度偏小，部分風險防控措施缺乏操作性。2018年，《民辦教育促進法實施條例（修訂草案）（送審稿）》已經出台，其中某些政策對部分民辦學校影響甚巨。如第七條規定：“公辦學校舉辦或者參與舉辦非營利性民辦學校的，應當經主管部門批準，並不得利用國家財政性經費、不得影響公辦學校教學活動，不得以品牌輸出方式獲得收益。公辦學校參與舉辦的民辦學校應當具有法人資格，具有與公辦學校相分離的校園、基本教育教學設施和獨立的專任教師隊伍，實行獨立的財務會計製度，獨立招生，獨立頒發學業證書。”該條對長期以來飽受各界爭議的獨立學院影響較大，如何防控對獨立學院帶來的各類風險，涉及新舊政策的衝突調適、平穩過渡以及各方主體的利益平衡等諸多難題，從目前來看，各地法規和政策製定和落實的情況並不樂觀，準備並不充分。因此，如何科學製定地方民辦教育發展的配套政策，保證政策落實落地，避免因各方利益糾纏和認知分歧導致國家相關政策“擱淺”“打折”或出現類似資產過戶等“製度失靈”或“政策失效”等現象是風險防範的一個重點。