我國民辦教育的勃興，本質上源於緩解教育需求與教育供給不足之間的矛盾。這一時期由於民辦教育準入門檻低、法規政策滯後，風險防範主要集中在財務管理、教育管理、印章管理等方麵，並分散在《社會力量辦學財務管理暫行規定》《社會力量辦學教學管理暫行規定》《社會力量辦學印章管理暫行規定》等法規政策中。《社會力量辦學暫行規定》標誌著國家正式將民辦教育納入正常的教育管理體製。20世紀90年代末高等教育體製改革和高校擴招等政策實施為民辦教育的快速發展注入了新的活力，但由此也衍生了較為嚴重的辦學風險問題。2003年實施的《民辦教育促進法》標誌著我國民辦教育法律體係基本建立。這一階段，民辦教育進入快速發展期，伴之而來的是辦學質量不高、經費短缺、管理混亂等帶來的辦學風險類型增多、壓力增大等問題。風險防範的內容除強化教師隊伍建設、黨團組織建設、教育管理等外，逐步拓展到產權製度、治理結構、內控製度等方麵。這些規定散見於《引導民辦高等教育健康發展的通知》《民辦高等學校辦學管理若幹規定》等相關法規、規章以及《教育類民辦非企業單位登記辦法》《民間非營利組織會計製度》《民辦教育收費管理暫行辦法》等多個部門出台的部門規章。
隨著民辦教育發展壯大，國家對民辦學校辦學風險的認識不斷深化。《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》從民辦教育是“教育事業發展的重要增長點和促進教育改革的重要力量”的認識高度，從深化辦學體製改革的角度，針對民辦教育提出了“大力支持”和“依法管理”兩項要求，明確提出要“建立民辦學校辦學風險防範機製和信息公開製度”，並提出了一係列的防範措施。自此，民辦學校的風險防範由單一的管理思維轉變為支持和管理並行，並成為“我國民辦高等教育政策從‘規範’向‘扶持’轉型的分水嶺”[11]。風險防範主體由中央政府下沉到地方各級政府，地方政府成為民辦教育創新實踐的主體。防範內容由簡單分散變得更加全麵係統。如溫州作為全國民辦教育綜合改革試點地區，2013年出台民辦教育綜合改革“1+14”政策，探索出“溫州民辦教育模式”。上海專門出台了《上海市推進民辦高等學校落實法人財產權的實施辦法》，對民辦學校法人財產權問題進行了規定。