課程與教學評價的科學性是評價得以存在和發展的前提。如果評價的開展沒有科學性，那麽，課程與教學評價活動也就失去了實施的依據。所以，不斷追求課程與教學評價的科學性，是課程與教學評價發展的自身需求。然而，目前人們對課程與教學評價的科學性問題存在著疑問。評價本身是一種基於事實判斷的價值判斷，由於評價主體價值觀的多樣性，有可能在評價實踐中出現不同評價主體對同一客體的評價結論大相徑庭的局麵。而若用科學主義的觀點看，這樣的評價就是不科學的、非理性的。
課程與教學評價的科學性受到質疑，主要涉及教學評價中如何對待事實判斷與價值判斷的關係問題。事實判斷主要是關於客體本身是什麽的判斷，它是以課程與教學的諸多事實為對象的描述性命題，包括對某一課程與教學行為的描述和對行為者賦予該行為的意義的描述兩方麵。由於事實判斷作為一種行為化、可測量的判斷，有普遍性、穩定性、可重複性等諸多特征，所以具有一定信度。而價值判斷則不一樣，它主要是價值評價主體依據自身需要，對價值客體的屬性是否滿足主體需要及滿足程度而做出的判斷。它具有複雜性、不確定性、主觀性等特征，重複操作可能會得出不一致的結論，這就使它成了科學主義極力批評的目標。
然而，完全否定價值判斷的客觀性，進而否定整個價值判斷的科學性是不公平的。一方麵，評價本身隻有把事實判斷與價值判斷結合起來，以事實判斷為基礎的價值判斷才有可能被認為是合理的；另一方麵，價值判斷包含著與事實判斷相同的具有不依賴於判斷者的客觀性。這種客觀性就是認識的客觀性，因為評價實際就是一種認識活動。認識的客觀性在馬克思那裏可以找到答案：認識的內容是一種客觀存在；用來進行評價的思維器官本身是客觀的；人的認識要受到客觀實踐的檢驗；價值判斷要以事實判斷為基礎。價值判斷有它的主觀性，但離開客觀基礎便難以存在。作為事實判斷與價值判斷有機結合的評價機製，不能不受到客觀實際的製約。也就是說，價值總是具有事實判斷的因素，我們所做的價值判斷都有一定的事實指涉。可見，如果認為評價是可以隨意的，那就大錯特錯了。[82]所以，在評價中，價值判斷與事實判斷是緊密聯係的。事實判斷是價值判斷的基礎，是價值判斷的手段。價值判斷隻有以事實判斷為基礎，才是有效的。離開了事實判斷的價值判斷則是非理性的。