改革開放以來，我國進行了深刻的高等教育體製改革，目的是適應社會的全方位變化及教育自身發展的要求，有效地激發和釋放體製的活力。對於普通高校而言，就是建立政府宏觀管理、學校麵向社會依法自主辦學的體製。40年來，我們在推動高等學校辦學自主權方麵做了許多工作，也取得了不少的成績。但是，政府對高等學校的管理，仍是一個有待探索的領域，實踐中行政配置資源的能力還太強，管得還比較細。落實高等學校自主辦學權，需要在依法治教的基礎上進一步完善政府的宏觀管理職能，確立高等學校的自主法人地位，通過建章立製工作，規範學校內外各種權責及其關係、完善自我約束機製。可通過政府與高校建立契約關係來具體推動這項工作。
（一）改善政府宏觀管理，加強高校內部機製建設
高等教育管理體製改革的目標是“建立政府宏觀管理、學校麵向社會依法自主辦學的體製”。政府的管理工作應由重過程管理轉向目標管理，由主要依靠行政手段管理轉向重點運用立法、撥款、信息和政策指導等手段進行管理，由對學校內部事務幹預過多的狀況轉向主要擬定法規、規劃、政策和為基層服務的宏觀調控和管理；學校自身的運轉應由過去主要根據上級的指令、指示辦學，轉變為在國家大政方針指導下，學校依法辦學和麵向社會自主辦學。因此，改革的原則是“宏觀有序、微觀搞活”。
1.政府要轉變職能，對高等教育實施宏觀管理
第一，關於高等教育管理體製改革。體製的建立和改革，主要來自政府的推動。經過多年來的不斷探索，我們建立起了“中央和省兩級管理、以省級政府為主”的管理體製，初步建立起了“政府為主、社會積極參與”的舉辦體製，明確了“高等學校麵向社會依法自主辦學”的辦學體製。應該說，在解決政府和政府間的關係、政府和社會間的關係方麵還是有重大突破的，但在解決政府和學校間的關係方麵，還存在很大的探索餘地。對高等學校的管理，不論是外部還是內部，行政色彩都過於濃厚。