高等教育要多樣化發展，關鍵的問題是怎樣才能夠實現多樣化，怎樣實施高等學校的分類發展與特色定位。
（一）單純的分層辦學模式的不足
目前中國走的是一條分層辦學的路子，即將高等學校按層次分為研究型大學、教學科研型大學、教學型本科院校、職業技術學院等，“211”工程、“985”工程等的實施也促使一批高等學校向研究型大學目標邁進，即在具體的實踐中推動了高等學校的分層發展。但是，問題並未得到全麵解決。
第一，分層辦學未能解決高等學校辦學目標的拔高問題。隨著國家“985工程”“211工程”的成功實施，在功利**麵前，一些並不具備條件的學校紛紛提出了向一流大學、研究型大學或教學科研型大學邁進的目標。學校追求升格、辦學模式單一的現象不能很好地得到扭轉。
第二，專門學院的辦學特色不便保持。新中國成立初期，政府在接管和改造舊的高等學校體係後，通過院係調整等措施建立起了一大批專門學院，以其培養人才的有效針對性，有力地促進了當時的社會主義建設。近幾十年來，隨著一些專業性很強的原行業部委院校在體製改革中劃歸地方為主管理，以及一批高等學校向綜合性大學邁進，專門學院的特色在逐步喪失，學院傳統的優勢學科有被削弱的危險。單純的分層辦學無助於這一問題的解決。
第三，分層辦學不利於高等學校畢業生下基層。2003年，OECD專家組對我國考察後，在《經合組織關於中國高教財務與質量保障改革的報告》中提出：“許多貧困地區的學生不願回到家鄉服務於當地，他們還是喜歡在接受高等教育的城市/省裏就業。關於這一點，根據歐洲高等教育的經驗，畢業生在距他們上學的城市50千米內尋找第一份工作。”中國高等學校傳統上是麵向大區設置的，存在著按省分布不均的狀況。2003年，我國設市城市660個，普通本科院校有644所。但北京市集中了超過8%的學校，四個直轄市共集中了約18%的學校，加上西安、武漢、南京，七城市共集中了約28%的學校，再加上長春、大連、哈爾濱、廣州、成都，十二城市共集中了約38%的學校，絕大多數的學校集中在省會城市。高等學校的集中設置及向更高水平的邁進，使畢業生的就業流向進一步集中。