評估的結果是否正確，最為首要的問題就是評估的價值選擇是否合適。高等教育評估活動既是一種政府管理高校的手段，有著管理意義上的價值；同時，高等教育評估活動的對象又是有著鮮明特殊性的教育問題，其有著不可規避的教育價值。對於評估學生個人來說，還存在知識價值和能力價值的選擇。當然，高等教育作為培養社會發展所需人才的組織而言，還承擔著社會價值，但是個人的發展也是其不可忽視的一個方麵。不僅如此，任何一種具體評估都有其特定的目的，有其具體的價值。在評估主體逐漸多元，評估利益群體不斷分化，評估功能不斷拓展的情況下，評估目的的價值選擇就更為重要，其直接涉及評估能否健康發展，能否引導高等教育健康發展。就一般意義而言，高等教育評估主要涉及三對價值的選擇與兼顧。
一、管理價值和教育價值
高等教育評估的管理價值追求和教育價值追求，荀振芳博士已經做了認真的研究和詳細的論述。[1]眾所周知，高等教育評估在我國本身就是作為一種政府宏觀管理高等學校的手段提出來的，所以其管理價值的追求自然就不言而喻。由於我國傳統公共行政管理模式的指導，高等教育評估對其管理價值的追求尤為突出。體現為評估的目的就是加強政府對高等教育的宏觀管理。評估的實施也是以管理為導向，表現為考查高校資源的利用效率和對教師、對學校行政管理進行績效考核等。這些都是管理價值追求的鮮明體現。但是，當下我國的高等教育評估在追求其管理價值的同時，似乎對評估的教育價值並沒有給予足夠的重視。
我們應該清楚高等教育評估是對高校價值的判斷。這就需要結合高校的特殊性來考量這一問題。高等教育評估顧名思義就是對高等教育進行的評估，所以，最為重要的就是重視高等教育評估的“特殊性”。高等教育評估之所以特殊，是因為它的評估對象是高等教育內部的複雜係統，包括高等教育內部的人、製度、學術、文化等。而高等教育作為一種特殊的社會活動，把培養人才作為其存在的鵠的。故高等教育的價值理性就是其“教育性”，即“促進受教育者的全麵發展”。首先高校是推動社會經濟、政治和文化發展的重要機構，同時高校也是培養人，促使受教育者身心健康、全麵發展的場所。而且，大學還是一個培養社會良心的地方。金耀基就指出，“大學是一個栽培普遍性的理念與理想，如平等、公正、和平的地方，這些理念與理想對於純潔而有朝氣的大學生具有啟發與挑激的作用”[2]。高等教育評估的管理價值固然重要，但是，高等教育評估的教育價值更為核心。它不僅承擔培養適合社會發展的人才的重任，還承擔被教育者個人發展的重任，還有培養他們具有批判意識和社會良心的責任，等等。這些都是教育價值的體現。高等教育評估在這些方麵也應該有所體現。否則高等教育評估的教育價值將被管理價值所掩蓋，而對高等教育的發展造成重大不良影響。對大學的評估不應該隻注重管理價值的追求，而不關心大學是否培養了大學生的普世理念和批判意識以及責任使命等。但是，現行的高等教育評估就存在這樣的偏向，這樣的評估是存在風險的，並不一定能夠促進高等教育健康發展。高等教育評估不應該是單一的，更應該是按不同目的進行不同選擇的評估體係。故要想使高等教育評估健康發展就必須使高等教育評估的管理價值和教育價值得到兼顧。