在小學綜合實踐活動的實施階段，教師應根據學生開展不同主題遇到的不同問題，進行有針對性的指導，這些指導主要包括研究方法指導、資料收存指導、課堂活動指導、調查活動指導、訪談活動指導、實驗活動指導和活動記錄指導七個方麵。
（一）研究方法指導
研究方法是在小學綜合實踐活動過程中，學生發現問題、分析問題和解決問題的探究、討論方法。小學綜合實踐活動要求學生積極參與、自主實踐，但並不是脫離教師的學生自主自發過程，教師的有效指導是必要的前提。活動中尤其應該加強對學生活動方式和研究方法的指導，對活動進行宏觀調控，將能力的培養、方法的掌握擺在與知識積累同樣重要的地位。如何發現和提出問題，如何設計活動方案，如何搜集與處理資料，如何撰寫活動總結報告，如何表達活動成果，如何開展小組合作，如何調查、訪談、試驗、利用網絡等，都需要教師給予指導。
為使學生在綜合實踐活動實施過程中掌握一些基本方法，教師往往要對學生進行知識講授，那麽，如何避免方法指導陷入知識講授呢？教師需要圍繞如何撰寫活動總結報告、表達與交流等進行活動設計。這些設計要將方法指導與方法實踐結合起來，同具體主題活動結合起來。例如，自然科學問題的研究與人文社會科學問題的研究在研究方法上就存在很大差別。一般而言，自然科學研究更側重數字和證據，往往較多采用實驗法、觀察法、統計法等；而人文社會科學研究則更側重資料的搜集與整理，所以較多采用文獻法、比較法等。
此外，綜合實踐活動過程中研究方法的選擇，還要注意學生年齡的特點和研究的進度。一般而言，對於小學低年級學生，實驗法要求相對過高，因此要多使用一些簡單的方法，如觀察法；而對於小學高年級學生而言，則應更強調科學性和嚴謹性，可采用科學性較強的實驗法、統計法等。在綜合實踐活動課實施的不同階段，學生選擇的研究方法應與之對應。例如，在活動實施的初始階段，學生以搜集資料為主，所以資料搜集與調查采訪法采用較多；而當資料數據收齊後，則更多采用統計和比較分析的方法等。