在實踐中，教師的活動方法設計存在許多問題，具體表現如下。
（1）教師的活動方法設計過於寬泛，針對性不強。調查發現，大多數教師不明確自己在設計學生開展活動的過程中，具體的研究方法有哪些，從而感到“無從下手”。導致綜合實踐活動課程的實施呈現出形式化的趨勢。學生在活動的具體實施過程中缺乏深度實踐和實質性的體驗、感受。
（2）教師讓學生進行綜合實踐活動之前，缺乏必要的專題講座和“過程與方法”的指導，“過程與方法”維度的目標沒能得以實現。據調查，教師在指導學生開展主題活動時，基本上都要求進行“搜集資料”“調查”，但究竟怎樣“搜集資料”、怎樣“調查”，教師基本沒有對學生進行方法指導。
（3）教師在規劃和實施綜合實踐活動過程中，綜合實踐活動的方法缺乏層次性和係統性。這容易使教師和學生覺得綜合實踐活動在不同學段和不同年級的實施中是完全可以重複的，同一主題可供不同年級的學生同時開展實踐研究活動，並且目標要求和活動方法的選用也沒有區別，導致學生在實施過程中的興趣衰減，學生的實踐研究能力沒有得到真正的提升[11]。