1.理論基礎不同
質性研究與定量研究理論基礎不同。定量研究的理論基礎是西方哲學史上發展了一百多年的實證主義哲學，而質性研究的理論基礎則包括建構主義、後實證主義、解釋學、現象學等各種理論流派，雖然這些理論流派之間的觀點有著不同之處，但與實證主義有著本質的區別。這主要體現在以下三個方麵。
第一，對本體論兩者有著不同的前提假設。實證主義認為，現實事物是不以人們的意誌為轉移的，是客觀存在的，不受主觀價值因素的影響。主體和客體是兩個截然分開的實體，主體可以通過對一套工具的操作而獲得對客體的認識，必須建立在經驗的基礎之上，社會現象是可以被經驗地感知，一切要領必須還原為直接的經驗內容，理論的真理性必須用經驗來驗證。而以現象學為代表的哲學流派則認為，社會現實的本質並不是客觀存在的，而是因不同的人在不同的時空賦予各不相同的意義。主體對客體的認識實際上是主體在和客體的互動關係中對客體的重新建構，主體和客體兩者是一個互為主體的關係。
第二，在認識論上，實證主義極力推崇經驗的作用，認為主體對客體的認識必須建立在經濟的基礎上，一切概念必須還原為直接的經驗內容，理論的真理性必須由經驗來驗證，認為“知識”有其客觀的規律，具有可重複性。研究者隻要遵循一定的方法規範，就可以將研究的結果在更大的範圍內推廣。而以現象學為代表的哲學流派則否認事實與價值是相互獨立的客體，他們認為對知識的認識不是唯一不變的，它是在具體社會文化情境的建構，是參與各方麵通過互動而達到的一種短暫的共識。知識是一個重構的創造的問題，不存在帶有普遍意義的、脫離具體情境的、抽象的知識。