通過對“新機製”實施前後農村義務教育階段學校教育經費及辦學條件方麵的統計數據的對比分析，我們認為，“新機製”的啟動與全麵推行初步實現了減輕農民負擔、強化各級政府對於農村義務教育的投入責任、提高農村義務教育的投入水平、促進教育資源均衡配置等政策目標。不過，應當看到，農村義務教育經費保障新機製的推行與鞏固仍然在一些方麵存在問題。這些問題可以概括為以下幾個方麵：政策設計還不夠完善；投入總量還不足；“新機製”的監測與評價尚未全麵開展。
第一，中央與省級政府在農村義務教育經費保障方麵的負擔比例的設計不甚合理，未充分考慮區域內部省級政府的財政能力差異。
表3-4 各地區中央與地方分擔農村義務教育經費情況
“新機製”依據東、中、西三片地區來確定中央和地方政府對農村義務教育經費承擔的項目和比例（參見表3-4），各省按照中央與地方間農村義務教育經費投入責任分擔原則，結合本省的具體情況，製定出省級政府與各市、縣級政府的經費分擔規則。但是這種方式忽略了地區間經濟發展存在的不平衡，例如西部地區雖然整體經濟發展較為落後，但仍然有諸如重慶、成都等經濟較發達的地區。而中部的河南、江西、湖北、湖南等地仍有較多的國家級貧困縣，在東部地區中，遼寧、福建及江蘇較其他幾個省的經濟發展也存在著較大的差距。所以按照東中西部劃分中央與省級政府的農村義務教育經費投入比例缺乏公平性。根據三大區域劃分來製定經費分擔比例並沒有真正地考慮各省份經濟發展水平，這可能會帶來部分經濟水平較低省份的財政負擔過重，難以保障“新機製”各項經費全麵落實。因而，我們建議根據各省近三年來的經濟發展水平和財政收入情況，重新劃分三類區域（財政投入能力高、中、低三類區域），並結合各區域教育發展水平和辦學條件，設立中央與地方各項經費投入比例，以保障“新機製”各項經費全麵落實，以及不斷提高各項經費投入水平。