在慕課迅猛發展的兩年多裏，這些網上課程如何進行評價和考核也成為大家質疑和擔憂的問題。如何設置考核標準？如何保證線上考核的真實性？實踐性強的課程如何驗證？等等。其中，最難以解決的一個問題就是，人文類課程如何通過學習後加以評估。
（一）人文學科的本質注定難以評估
人文學科與理工學科不同，那些實用、功利的量化考核標準並不適於人文學科。對於單個人來講，科研課題的承擔、科研經費以及論文發表的多少並不能直接評估該人對人文學科所帶來的影響。因此，由理工學科照搬過來的人文學科的評估機製近些年來一直被詬病。人文學科的研究和品評有其特有的規律，這在科學研究領域素有公論。人文學科是思考人生和社會問題的，其人才除了必須具備比較寬廣紮實的專業知識基礎外，還必須對人生和社會有比較深刻的觀察、體驗和思考。因此，直接借用理工學科的評估標準是不妥當的。
人文學科是以社會現象為研究對象的，本質上研究的是一個價值世界。對人文學科而言，“創新”遠遠勝於“規範”。創新需要自由的學術氛圍和寬容的社會氛圍，而實用、功利的量化評估規則限製了人文學科的發展，僵硬、單一的價值尺度限製了學術自由的土壤。因此，人文學科更需要的是一種寬鬆、靈活、具有成長空間的價值框架來對其進行評估。
另外，人文學科的發展積累性比較強，隻是更新的速度比較慢。因此，對於人文學科的考評，需要更長的時間才得以形成定論。在這樣的情境下，短期的價值評估體係則助長了急功近利的行為，對人文學科的發展產生阻礙。
並非說人文學科的發展不需要遵循一定的規範化和標準化的要求，而是照搬理工學科的評估機製存在問題，但現有的研究又無法設計出更好的評估體係。凡事物極必反，過度追求規範，會以犧牲大師、妨礙人文學科精品的誕生為代價，曾有人將一位著名文學教授的科研成果填入現在同行的考核體係中，發現他隻能被評為“中等偏下”。因此，想要恰當地對人文學科的成果等進行評估是件極不容易的事情。