學術性是高校的基本特征，是高校區別於政府、企業和社會組織的根本。高校自身的組織結構也必將反映這樣的特點，即以學術權力為中心。因此，落實和擴大高校自主權的核心是遵循學術規律、堅持學術本位、彰顯學術權力、尊重學術自由。因此，建立以學術製度和學術權力為核心的高校內部治理機製是建設我國現代大學製度的關鍵。
（一）建立以法律為依據、以學校法人化為標誌的外在製度，理順政府與高校的關係
準確界定政府與高校的法律定位，理順政府與高校的法律關係，保證政府在管理大學的過程中依法行政，實現政府與高校關係的法治化，是改革和創新高校內部治理機製，落實和擴大高校辦學自主權，建立現代大學製度的基礎。
一方麵，政府應當依據憲法精神對高校及其成員所從事的與教學和科研相關的工作予以鼓勵和幫助，不得隨意幹涉；另一方麵，政府應加強現有法律法規的落實和執行工作，推進具有中國特色的高校法人化改革的進程，合理配置和規範政府與高校的權力關係，促進高校的自主發展。同時，我國應在吸收借鑒世界高等教育強國發展經驗的同時，充分考慮我國高等教育特殊的發展曆史和現狀，對高校的學術權力出台專門的立法。另外，還應明確政府在大學治理中的定位，轉變政府職能，改變政府參與大學治理的方式，綜合運用政策引導、經濟調節、法律規範等手段加強對高校的宏觀指導和有效調控，尊重高校辦學自主權，減少不必要的行政幹預。
（二）在高校內部建立保障學術權力的製度規範和運行機製，理順高校內部權力關係
高等學校內部權力結構失衡，行政權力過於強大，學術權力極為弱小，民主權力微不足道，是目前我國高校存在的一個普遍現象。理順高校內部各權力間的關係，就要進行製度創新，在高校內部建立起保障學術權力的製度規範和運行機製。