當前我國高校內部管理存在著高校內部權力分配集中化和官僚化現象嚴重、學術權力和行政權力之間存在衝突，以及高校教師隊伍建設評聘製度執行不嚴格、教師職稱結構不合理的問題。
（一）高等學校內部權力分配製度問題突出
根據1998年頒布的《中華人民共和國高等教育法》（以下簡稱《高等教育法》），我國高等學校的內部管理體製實行的是黨委領導下的校長負責製。具體而言，在我國的高等學校裏，黨委是學校領導的核心，統一領導學校的各項工作，支持校長獨立負責地行使職權。黨委的職責主要是：執行黨的路線、方針、政策，堅持社會主義辦學方向，領導學校的思想政治工作和德育工作，討論決定學校內部組織機構的設置和內部組織機構負責人的人選，討論決定學校的改革、發展和基本管理製度等重大事項，保證以培養人才為中心的各項任務的完成。校長則全麵負責本學校的教學、科學研究和其他行政管理工作。
從整體來看，我國高等學校的這種管理體製是符合我國高等教育的發展規律的，並且在實踐中也取得了積極的成果。但是在一些具體的管理實踐過程中，還存在一些問題，主要表現為兩個方麵，一是校院權力分配上的權力集中化和官僚化，二是高校內部行政權力嚴重製約學術權力。
1.校院權力分配上的權力集中化和官僚化
在我國高等學校內部權力分配上，當前的一個突出特點就是權力過多地集中在校級層麵上，學院的權力相對比較薄弱，這主要體現在以下幾個方麵。一是財務權。按照1997年頒布的《高等學校財務製度》第五條的規定，我國“高等學校實行‘統一領導、集中管理’的財務管理體製；規模較大的學校實行‘統一領導、分級管理’的財務管理體製”。這一規定，體現了我國高等學校在財務管理上的統一性和靈活性。然而在具體的管理實踐中，目前我國高等學校的財務權大多采取的是“統一領導，統一管理”的模式，財務權還主要集中在校級層麵。例如，在政府撥付經費和學校自主創收經費的分配上，一般是學校按照一定標準預留部分作為校級行政及學術管理費用，然後按學校等有關規定分配到校級各職能部門，由它們來決定這些經費在各專業學院之間的分配。二是人事管理權。目前我國高等學校的人事管理權力同樣集中在校級層麵。按照《高等教育法》的規定，聘任與解聘教師以及內部其他工作人員屬於校長的職權。這就是說，學院在人事分配上沒有多少決策權。盡管我們看到一些高等學校的學院也可以自行聘任教師或其他工作人員，但是這些人員的各方麵待遇等不屬於學校所負擔的範圍，需要學院自行解決。另外，目前我國大部分高等學校對教職員工的考核也由校級相關職能部門來完成，包括教師職稱的評定標準、程序等也是如此。三是資源配置權。合理的資源配置是高等學校管理的一個重要方麵。從我國目前的高等學校管理現狀來看，資源配置主要還是學校的事情，即學校掌握著資源配置的主要權力，學院在該方麵的可支配權力十分有限，也十分弱小。