當前我國創新型國家建設的體製和製度問題主要有國家科教體製分離的製度安排、高校科研在國家創新體係的戰略地位尚未確立，以及大學產學研一體化政策還不完善等。
（一）國家科教體製分離的製度安排，嚴重製約國家創新體係建設
長期以來，我國的科教體製是以科研院所為主體的科研機構和兼具科研與人才培養功能的高等學校並行發展。這種政策安排，適應了當時社會經濟建設的需要，短時期內迅速積聚了大批科研人才與科研成果，為我國科教事業的發展奠定了堅實的基礎。改革開放近四十年來，我國逐步對科研和教育體製進行改革，越來越重視科研與教育的結合，但尚未從根本上改變科研和教育相對分離的體製，即科研、教育發展的“二元化”軌道。從實踐層麵來說，我國科教分離政策嚴重阻礙了國家創新體係的建設，具體表現為以下兩點。
第一，這種科教分離政策造成了科研與教育資源的巨大浪費，直接導致高校科研資源的嚴重不足，嚴重製約了創新型人才的培養。從美國的曆史經驗看，高校是承擔基礎研究的主要部門，構成了其人才培養尤其是研究生教育的堅實基礎。我國大部分的科研經費都投入到科研院所，高校研發經費投入嚴重不足。2006年，經合組織成員國的高校獲得的研發經費占其研發經費的比例達到我國高校的2～5倍。[12]2013年，我國政府投入研發經費2500.6億元，高校研發經費投入僅為856.7億元，占全國研發經費的7.2%。[13]科研資源投入的不足，導致高校在知識與技術創新中無法充分地支撐創新型人才的培養，使得科技創新缺乏後勁和可持續發展的能力。
第二，科研院所科研資源豐富，但沒有全麵地參與到人才培養中去。與高校相比，科研院所獲得更多的研究資源支持，但是其科研資源卻無法有效地轉化為教育資源。科研院所招生規模較小，無法充分地利用科研資源，進行大批量創新型人才的培養，這就造成了有些科研資源的閑置和浪費。2010年全國研究生招生計劃中，科研院所計劃招收碩士研究生6341人，博士研究生1768人，僅占全國計劃招生總規模的1.2%和2.5%。[14]另外，科研院所培養的研究生往往專業性很強，但欠缺寬厚的通識教育基礎，缺乏科學創新所必需的人文社會科學素養和文化藝術修養，缺乏高校的學科基礎、文化氛圍，原始創新能力受到限製。這樣的研究生就很難成為拔尖創新人才和科技領軍人物。