改革開放30多年來，我國農村基礎教育取得了巨大成就，基礎設施不斷改善，適齡人口入學率不斷提高，貧困地區義務教育工程取得長足進展，義務教育階段家庭經濟困難學生“兩免一補”政策實施範圍不斷擴大。但不可否認，我國農村基礎教育，尤其是中西部貧困地區的農村基礎教育，仍然麵臨很多發展困境，如經費不足、師資匱乏、人才培養模式錯位等，製約了農村經濟社會的良性發展。
（一）“以縣為主”教育管理體製有待完善
我國實行“在國務院領導下，由地方政府負責，分級管理，以縣為主”的基礎教育管理體製和財政體製，這是對原有農村基礎教育財政管理體製的一個重大突破，成效值得肯定，但管理體製仍然麵臨諸多問題。首先，相當一部分縣級政府缺乏足夠的財力，特別是中西部以農業為主的縣長期存在財政能力薄弱的問題。其次，省級政府財政責任不明確，“以縣為主”的管理體製對各級政府的教育財政責任沒有明確規定，尤其是省級政府的財政責任不明確，在農村教育中並未發揮應有作用。這種政府間財力與基礎教育事權責任的不對稱，是農村基礎教育經費短缺的製度性原因。
（二）農村教育發展的不均衡問題仍然突出
我國是農業大國，農村人口占總人口的大多數，義務教育的重頭戲在農村。《教育規劃綱要》明確提出將建成覆蓋城鄉的基本公共教育服務體係，實現基本公共教育服務均等化，縮小區域差距。我國從實施九年義務教育以來，取得了顯著的成效，但義務教育城鄉差別依然存在。與城市義務教育相比，低入學率、低升學率、高輟學率是農村義務教育發展中出現的重要問題。而基礎教育階段城鄉教育機會的差距，教育經費、教學條件、師資力量等因素造成的教育質量的差距形成了逐級累積的結果，導致城鄉學生接受高等教育機會的差距。教育資源的相對缺乏對農村學生的全麵發展產生了不良影響，使得農村學生走向社會的競爭力不足，獲得較好社會工作、待遇的機會少於城市學生。