計劃經濟條件下，由於政府決策高度統一，由中央政府出台政策，政策決策影響因素相對較少，主要是國家層麵的政治和經濟因素。而在市場經濟條件下，政策製定權下放，由政府決策向政府牽頭轉變，中央、省級政府和學校均成為政策製定主體，政策決策過程由統一模式向民主模式轉變，國家層麵和地方層麵的政治、經濟、環境、資源、人口及文化等條件均對政策的製定和執行產生了不同程度的影響，政策決策過程趨向複雜化。
例如，1985年《關於教育體製改革的決定》與中共中央先前頒布的《關於經濟體製改革的決定》和《關於科技體製改革的決定》，具有理論上的邏輯聯係和實踐上的遞進關係，是拉開我國高等教育管理體製改革序幕的一項重要政策。擴大高校辦學自主權，改革高校招生和畢業生分配製度，學校逐步實行校長負責製。1988年4月，國家教委下發《關於高等學校逐步實行校長負責製的意見》，積極推進這一製度的實施。至1989年初，已有100多所高校實行了校長負責製。但1989年中斷了教育體製改革的進程。教育發展低迷緩慢，100餘所試行校長負責製的高校陸續恢複了原有體製。20世紀90年代初，我國采取對大學生實行軍訓、減少高校招生、調整留學生派遣方針等收縮政策。北京大學、複旦大學1990級新生到軍隊院校軍訓一年。1989年，普通高校研究生招生比上年減少10.8%，本專科招生減少19.4%。文科研究生不從應屆生中招收，工、農、醫科研究生從應屆生中招收的比例不超過40%。1989-1991年，研究生和本專科招生數連續三年低於1988年。在這樣的學生規模下，高等教育的投資增長也受到了一定影響。
再如，1998年金融風暴對我國高等教育投資帶來了正負兩方麵的影響。在經濟需求不景氣的壓力下，許多銀行看上了學校這塊穩定的“財源”，紛紛追著學校要給貸款。據不完全統計，截至2002年底，全國從1999年開始啟動的後勤社會化新建學生公寓3300萬平方米，改造1000萬平方米，超過1949-1999年建成的總數3200萬平方米。但是，貸款政策也給高校帶來了盲目發展、債務風險加大等負麵影響。