經過長期以來高等教育規模的發展，特別是1999年大規模的高校擴招以來，全國普通高校招生數從1998年的108萬人，擴大至1999年的160萬，2000年的221萬和2001年的268萬。而伴隨這一飛躍式的擴張，各高校一改往年辦學條件惡化的趨勢，高校辦學條件如生均經費投入、生均校舍建築麵積和生均固定資產與教學儀器設備等幾個重要指都標實現了與招生規模的同步增長。1998-2001年，中國高等教育規模擴大了一倍以上，政府撥款增幅達到了80%，高校自籌收入增長了1.7倍，其中學費收入增幅達兩倍以上，成為支撐我國高等教育籌資多元化體製快速形成的最重要因素。
在多元化投資體製下，從高等教育投資的規模、效率和公平等目標來看，各地區不均衡程度不斷提高。
（一）財政投資占高等教育投資比例下降，地區間不平衡性拉大
從20世紀80年代中期以來，雖然國家財政安排的教育經費的絕對量每年都增加，但多種渠道籌措經費在經費總支出中的比例越來越高。由下圖可見，全國高等教育預算內事業費比例從1993年的82.41%下滑到2008年的48.14%，而學雜費比例從1993年的6.15%增長到2008年的27.78%。
圖4-1 全國高等教育預算內事業費撥款比例與學雜費比例變化趨勢
各地區都基本形成了高等教育投資的多元渠道，但是中央政府與地方政府的投資關係、教育主管與行業主管部門的投資關係、政府與其他渠道的投資關係在不同地區卻體現出差異化形態。因此，高等教育投資總規模在不同地區得到了不同幅度的增長。
（二）集中財力重點投資，提高效率
在提高效率的目標下，“重點建設項目”給少數高校帶來了相對較多的投資。1978年國家確定重點大學名單後，由於一些院校合並、調整，至1981年底，全國重點高校為96所。除了中央確定的全國重點高校外，各省、市、自治區及各部委也相繼確定了本地區、本行業的“省重點”“市重點”和“部重點”高校，基本形成了一個“全國性”和“省、市、部”級多層結構的重點高校建設體係。在這樣的政策體係下，由於地區間財力支撐能力不同等原因，導致各地高等教育投資效率有較大差異。