這一時期的重要政策文件有2000年的《關於深化教育改革全麵推進素質教育的決定》、《麵向21世紀教育振興行動計劃》，乃至2010年《國家中長期教育改革與發展規劃綱要》。
（一）財政投資政策
1.地方政府成為高等教育財政投資主體
1999年6月中共中央、國務院頒布《關於深化教育改革全麵推進素質教育的決定》，要求進一步簡政放權，加大省級人民政府發展和管理本地區教育的權力以及統籌力度，特別是把發展高等職業教育和大部分高等專科教育的權力以及責任交給省級人民政府。1999年國務院進一步調整國務院部門所屬高校管理體製和布局結構，規定除教育部、外交部、國防科工委、國家民委、公安部、安全部、海關總署、民航總局、體育總局、僑辦、中科院、地震局等部門和單位繼續管理其所屬學校外，國務院部門和單位不再直接管理學校。少數普通高校劃歸教育部管理或由教育部負責調整，其他普通高校實行“中央與地方共建，以地方管理為主”的體製，由地方統籌管理。2000年2月國務院轉發《教育部等部門關於調整國務院部門（單位）所屬學校管理體製和布局結構實施意見的通知》。調整方案中提出，將22所普通高校劃轉教育部管理，34所普通高校由教育部負責調整。97所普通高校實行中央與地方共建、以地方管理為主，並由地方統籌進行必要的布局結構調整。其中與投資體製關係密切的內容有，中央與地方共建、以地方管理為主的普通高校，其國有資產、人員編製、勞動工資管理等均由省級人民政府負責。由部門下屬企事業單位繼續舉辦的學校，人、財、物等管理體製不變，教育業務按照屬地化原則由地方教育部門管理。實行中央與地方共建、以地方管理為主的普通高校的教育事業費，由財政部按照1999年度調整預算數扣除一次性專項後，再上浮15%，作為下劃地方的經費指標；公費醫療經費和房改經費（專項用於補助建立住房公積金），由財政部按照1999年預算執行數，從2000年起劃轉到地方，並由地方財政部門核撥到學校。凡財政部按原中等專業學校戶頭撥款的由中等專業學校升格的普通高校，其事業費按1999年撥款額劃轉地方。學校所需基建投資，原則上按照學校前5年（1995-1999年）中央預算內投資的年平均數，結合建設項目和學校發展的實際情況，由教育部會同原主管部門（單位）和有關省（自治區、直轄市）與國家計委協商確定投資基數，繼續由中央支持一段時間後再轉由地方政府負責。由國家計委按建設項目給予上述學校一定額度的一次性專項補助。同時，政府對於擴招政策的投資支持力度進一步加大：為緩解高校辦學條件緊張的壓力，中央財政從1999年增發的600億元國債中專門撥出14億元用於這次高校擴招經費補貼，其中7億元用於補貼中央部委所屬高校，另外7億元用於補貼地方政府所屬高校，同時，國債安排時還吸引了地方、部門和學校的配套投入37億元。[1]2001年7月《教育部關於印發〈全國教育事業第十個五年計劃〉的通知》要求建立、健全實行中央和省級人民政府兩級管理，以省級人民政府管理為主的新體製，指出政府應主要運用撥款和立法、規劃、評估、信息服務、政策指導、執法監督等手段對教育進行宏觀管理。