這一時期以應對亞洲金融危機、拉動內需而引發的我國高等教育擴招為起點，高等教育進入快速發展期，實現了由精英教育向大眾化教育的轉變，其投資政策的主要特點有以下幾個方麵。
——地方政府發展高等教育的責任加大。隨著中央有關高校的下放和省級高校的調整到位，高校管理體製實現了中央、省兩級管理。以省管理為主體製的落實，使得地方政府發展高等教育的責任加強，投資壓力加大。
——社會融資成為高校投資的重要來源。為了解決擴招後高校資源不足，經費不夠的狀況，第一，積極進行高校後勤社會化改革，利用社會資源解決學校學生宿舍和食堂不足問題；第二，利用銀行貸款建設新校區和新校舍，滿足學校發展需要；第三，創辦獨立學院，擴大優質教育資源，緩解學生就學壓力。2006年，全國318所獨立學院本科招生數45.47萬人，占全國普通本科院校招生總數的21.99%。
——高校的辦學質量和水平有待提高。高等教育由精英教育轉為大眾化教育後，培養目標發生了重大變化，不少學校的學生質量和辦學水平均有待提高，並引起廣泛關注。進入21世紀後，提升高校辦學水平和培養質量成為一個發展主題。
——穩定學費標準，規範收費行為，治理亂收費問題，構建困難學生資助體係。這些既是社會關注的熱點，也是這一時期政府重點完善的政策措施。
——高等教育投資政策多元化模式基本形成。
[1] 董洪量.高校擴招：民所願 國所需[N].人民日報，1999-09-11.
[2] 上海高校後勤社會化改革紀實［N］.光明日報，1999-10-30.
[3] 常向陽，袁靖宇.中國高校產業：曆史、現狀與趨勢[J].科學學與科學技術管理，2002（7）.
[4] 戴佩華.中國高校產業成長曆程及發展對策研究[D].重慶：重慶大學，2003：24.