（一）如何在保證經濟快速增長的同時，使教育得到優先發展的問題
1992年召開的中共十四大明確提出“必須把教育擺在優先發展的戰略地位，努力提高全民族的思想道德和科學文化水平，這是實現我國現代化的根本大計”。為了實現黨的十四大所確定的戰略任務，指導20世紀90年代乃至21世紀初教育的改革和發展，1993年中共中央、國務院頒布《中國教育改革和發展綱要》，首次提出我國財政性教育經費占國民生產總值的比例到20世紀末達到4%的要求。1995年5月，江澤民同誌在全國科技大會上的講話中提出了實施“科教興國”的戰略，確立科技和教育是興國的手段和基礎的方針。這個方針提高了全社會對科技和教育重要性的認識。那麽1993年分稅製改革後形成的財稅製度如何支撐起教育的優先發展呢？如何在新型的財稅框架下讓地方承擔起相應的高等教育投資責任呢？如何在中央將權力下放給省級政府之後還能有效保證高等教育投資的效率和公平目標的實現呢？這些都是確保使教育得到優先發展切實需要解決的問題。
（二）拓寬籌資渠道問題
一方麵經濟社會對人才的需求加大，另一方麵發展高等教育又受到經費投入的製約。在這種背景下，怎樣籌措更多的高等教育投資成為首要課題。因此，在不斷增加財政投入的同時，如何多渠道籌資成為一個重要的政策目標。
（三）規範問題
從社會經濟大背景來看，1993年以後是國家市場經濟建設的發展期，開始注重用法律法規的形式保障經濟改革的成果。從高等教育發展情況來看，高等教育投資規模已經有了很大提高，高校辦學條件有了不同程度的改善，學校各種儀器設備擁有量大幅度增加，有些大學已經擁有上億元的資產。在實行收費製度後，一些地區、部門和高校自行規定了一些收費項目，標準各異，互相攀比，引起的社會反響較大。國家在擴大大學自主權的同時，又要加快體製改革和加強宏觀管理，要通過法律法規建立起與社會主義市場經濟體製、政治體製和科技體製改革相適應的高等教育新體製，進一步健全多渠道籌措教育經費、保障教育經費穩步增長的機製。這一時期具有裏程碑意義的法規文件有：1993年中共中央、國務院頒布的《中國教育改革和發展綱要》，1995年頒布的《中華人民共和國教育法》、《高等教育法》等。