該時期，河南省製定並印發了《關於加強省屬高等學校財務管理工作的若幹意見》、《關於建立健全省教育廳直屬事業單位經濟責任製加強財務管理的意見》、《關於進一步加強廳直屬事業單位財務管理工作的意見》、《關於規範省級教育事業專項經費管理的意見》（2005）、《省教育廳直屬事業單位經濟責任製試行辦法》等財務管理意見和辦法，及時轉發和落實了教育部、財政部《關於“十一五”期間進一步加強高等學校財務管理工作的若幹意見》（2007）、省財政廳《關於印發河南省省直機關和事業單位差旅費管理辦法的通知》（2007）等文件，同時，督促各單位科學製定和完善自身的財務規章製度，不斷強化內控製度建設，進一步理順財務管理體製，建立健全經濟責任機製，河南省教育財務管理日益規範化、科學化和製度化。
河南省各有關部門和高校認真貫徹執行《預算法》，按照預算管理的有關規定，建立健全各種規章製度，強化預算約束，嚴肅財經紀律。在年度預算執行過程中嚴格管理，對綜合財務收支計劃的調整以及預算內外資金的撥付均嚴格按照規定程序辦理。同時，按照預算管理的要求，定期對預算執行情況進行全麵檢查，不定期對重點支出項目進行抽查，實施經常性的監督。采取積極措施，加快資金支付進度。建立省級教育專款的執行分析係統，對各項資金實行績效考核。加強監督檢查力度，對廳直屬高校開展經濟責任審計自查。例如，2005年，河南省審計廳和部分省轄市審計局對鄭州大學、河南大學、河南財經學院等13所高校2004年度的財務收支情況進行了審計，審計金額23億元，查出了部分違規收費、拖欠、截留應繳財政專戶資金、賬外賬、“小金庫”、違規集資等違法違規問題。審計結果得到河南省委、省政府的高度重視。省委、省政府領導分別做出批示。省教育廳黨組及時召開專題會議，研究貫徹落實省委、省政府領導重要批示精神，並製定下發了《關於部分高等學校2004年度收費管理和財務收支中存在問題進行整改的通知》，提出了各高校退還違規收費資金，盡快繳納拖欠截留的應繳財政專戶資金，賬外賬和“小金庫”資金全部納入學校財務統一管理，對公款私存的個人進行黨紀政紀處理；按規定足額提取，正確、及時使用和發放獎貸、困難補助、勤工助學基金，不允許出現少提少發、晚提不發及不合理使用現象；新校區建設及其他基本建設項目要嚴格遵守有關法規，對違規自行招標、擅自擴大建設規模的院校要嚴肅處理等要求。各高校對審計結果高度重視，積極落實審計決定，采納審計建議進行落實和整改。[2]