1999年召開的全國教育工作會議上提出“積極發展高等教育，擴大招生規模”以後，中國高等教育開始超常規發展。該時期河南省高等教育投資政策所要解決的問題主要是伴隨著擴招帶來的一係列投入及相關問題：隨著規模擴大帶來的經費不足問題，隨著收費製度的全麵實施帶來的家庭困難學生資助問題，隨著大量利用銀行貸款帶來的高校債務問題，隨著大量資金投入帶來的經費使用效益問題等。
擴招以後經費不足問題是河南省高等教育麵臨的關鍵問題，省委、省政府高度重視，采取多種措施、多種途徑籌措高等教育經費。2004年，省委、省政府下發了《關於加快高等教育改革與發展的意見》，指出進一步加大政府對高等教育的投入，並通過多種途徑籌措高等教育經費。總體來看，該時期河南省高等教育總投資規模迅猛增加。1999年河南省高等教育總投資規模為19.88億元，2008年高等教育總投資達到120.83億元，是1999年的6.08倍。因為在政府財政投資、學生收費、學校融資方麵相關政策比較明確，所以上述三項政策效果比較明顯。財政投資由1999年的12.39億元增加到2008年的54.01億元，是1999年的4.36倍；學生收費由1999年的6.49億元增加到2008年的58.9億元，是1999年的9.08倍；學校融資每年均在10億～20億元左右。但由於學校創收和社會捐贈的相關政策滯後，所以該時期高校創收和接受社會捐贈情況並不理想，2008年，學校創收僅7.3億元，占高等教育投資總額的5.56%；社會捐贈僅433.9萬元，占高等教育投資總額的0.03%。問卷調查的結果也佐證了這種情況，在對高校的調查中，“通過產學研合作等途徑獲得的創收占學校總收入的比例”一題，選擇“10%以下”的占93.6%，“貴校每年接受社會捐贈占學校總收入的比例”一題，選擇“幾乎沒有”的占74.1%。由此說明學校創收和社會捐贈的相關政策實施情況不佳。