在高等教育評估中會遇到很多問題，但隨著評估理念的發展，評估技術的進步以及評估經驗的積累，許多問題已迎刃而解或不是國際上普遍的問題，但一些問題還困惑於高等教育評估活動中，向“左”向“右”都很為難。總結這類問題，能夠為結合本國國情開展高等教育評估活動提供新的思考。
一、高等教育評估目的：規範還是特色？
開展高等教育評估活動必須首先回答其目的的問題，它是高等教育評估的基礎性問題。在不同曆史時期以及不同的國家，對它的回答有所不同的。就當代而言，高等教育評估是為了促進高等教育的規範發展還是特色發展？
高等教育的規範發展與特色發展是高等教育兩種不同的發展模式。從思辨上理解，一方麵，高等教育的特色發展離不開規範發展的。沒有規範，高等教育發展失去“方圓”，更不可能談其特色發展。因此，高等教育評估就是要捍衛高等教育的規範。任何一所富有特色的高校，在它的發展史中都能體現出它的規範。另一方麵，高等教育的規範發展也離不開特色發展。一所高校的發展如果是因循守舊，跟隨其他高校的發展或簡單地複製他校的發展模式而沒有特色，到頭來可能高校的發展失去了生存空間。因此，高等教育評估必須注重高校發展特色。因此，從理論上看，高等教育的規範發展與特色發展是需要協調一致的。但高等教育實踐的規範發展與特色發展畢竟有所不同，而且高等教育實踐活動比較高等教育理論發展更為豐富和複雜，高等教育評估必然引起人們的思考：高等教育評估是為了促進高校的規範發展還是特色發展？
在高等教育評估實踐活動中，對被評高校評估信息的采信，必然對高校的教學、科研、師生等方麵的信息進行收集、整理、歸類和驗證與解釋，最後很可能出現的結果是各高校水平或學科都不錯，但這卻與實際結果相差甚遠。甚至一些高校為了得到合格或優秀水平，針對評估機構的既定指標去拚夠學校的教育活動，使自己的學校辦學失去了應該有的特色。