這三個世紀的歐洲，首先，源於意大利的人文主義在大學的演變過程中扮演了重要的角色，在近代早期影響了全歐洲的每一所大學；其次，這一時期的歐洲伴隨著宗教團體和各個民族國家的分離而形成了整個歐洲政治世界的分裂，並由此帶來了一係列無休止的政治迫害和軍事紛爭。但總體而言，但丁的詩歌、印刷術的發明、1453年君士坦丁堡的衰落、1492年美洲新大陸的發現等曆史事件與科學發明，開始與大學對接，逐漸融入大學生活。在培根的《新工具論》（1620）與《偉大的複興》（1624）卷頭版畫“船隻通過海格立斯燈塔駛向廣闊的大海”，表明了學者價值判斷標準的變化，由過去基於權威的、傳統的規範判斷標準，轉變為與將來的新的、有價值的、發現的可能性相一致的新的判斷標準；而且人類行為方式獲得了新的意義，整個世界成為人類行動的舞台，成為科學、學術好奇心和努力的目標[1]，對世界的科學調查超越了民族、國家、宗教的界限，成為知識界的責任和存在自由。對於近代早期的歐洲大學，韋爾熱曾經評論到，它們並不享有什麽好名聲，人們往往使用的“僵化”“頹廢”“麻木”這樣的詞匯描述它們。因此，有研究者認為，“1500—1800年的大學不那麽令人感興趣，因為在社會最需要它們的時候，它們卻忽視了自己的社會功能，陷入危機”[2]。然而，最近幾十年中出現的重要文獻研究表明，現在人們可能需要扭轉對當時大學衰落印象的負麵評價。
一、大學與教會、政府：保持正統性與促進公共生活
鑒於中世紀大學產生的曆史背景，大學與教會、政府會因地點、時間和各個不同影響因素的差異而不同，有時會偏向教會，有時會偏向政府，其間關係相當複雜，而在近代早期，這些關係更為複雜，因為教會與政府之間的整體關係發生了許多重大的變化。