大學與政府的關係，是隨著時代的發展，政治體製的改變而變化的。作為現代大學源頭的中世紀大學，起源於12世紀歐洲的學術複興。1100年和1200年之間，古希臘的哲學、科學和藝術，以及古羅馬法，通過西班牙的阿拉伯學者傳入歐洲，這些知識“創造了專門的學術職業”，吸引求知欲旺盛的青年跋山涉水來到博洛尼亞和巴黎，組成學術行會組織。這些“師生協會”是當時意大利各城市中普遍的行會組織的一種，卻是現代大學的直接起源。[1]歐洲中世紀大學是基於學生和教師的學術活動而建立起來的行會，盡管它們有時也會獲得教會或國王的特許狀，但政府對管理這些行會並沒有特別的興趣（原因可能是歐洲的民族國家尚未形成，大學對於政府實現其目標還沒有發揮重要的作用），克拉克·克爾將這個階段大學的治理模式稱為“遊學學者和主要的自治的大學的自由市場模式”。[2]
然而，“由於民族國家興起的反響，遊學學者的完全的‘自由市場’從來沒有完全再湧現”。[3]民族國家的興起改變了歐洲社會的麵貌。民族國家的政府明顯加強了對公共事務的管理，教育也由於與實現國家目標有密切的關係，而被列入加強管理的事務之列。但不同的傳統和不同的曆史背景，使得政府涉入高等教育的程度不同，政府與高等教育機構的關係也不同。在法國和德國，政府都較早涉入高等教育的管理。然而，1806年耶拿之戰之後，德國人認識到一個自由的高等教育體係對國家富強的重要意義，盡管大學仍然被確定為國家機構，但在政府的宏觀管理之下，高等教育機構獲得了很大的自治權利，校內的學術事務被完全交給了教授。在法國，大學同樣被認定為國家機構，而且，政府對高等教育機構的管理，直至學校的教師、課程和學位。克拉克·克爾稱法國的高等教育管理模式為“微觀管理模式”。這種模式也傳播到意大利和西班牙等國。