大學自治，準確地說是大學的學術自治。大學的學術活動主要是研究和教學，研究和教學的自治是大學自治的核心內容。然而，大學自治不能僅僅是研究和教學活動本身的自治，也應涉及達成大學研究、教學自治的條件。“一般而言，除研究、教學活動之外，事務達成的機能直接與此活動有關聯或用以保護這些活動者，均為自治的對象。”[1]
這意味著，大學的學術自治，不僅僅是由大學內部管理係統自主地決定大學的學術事務，而且，在社會提供相應的保證機製和保證條件的前提下，大學內部管理係統能夠依照自己的教育哲學，自主地決定大學的學術事務。如果大學內部管理係統迫於特定的機製或局勢，不得不對一些學術事務“自主地”做出違背其哲學的決定，那麽，大學並未真正實現自治。迫於生存的壓力，學校不得不“違心”地做出一些決定，在任何國家的高等教育係統中都會發生。
一般地、明確地劃分教育係統中政府行政管理的事項和大學學術自治的事項，是不可能的。通常情況下，政府和社會都會遵從傳統，不幹涉曆史上形成的、傳統地被認為屬於大學自治範圍內的事務；而在一些特定的情況下，當政府和大學就大學自治的事務不能達成一致（一般表現為大學聲稱政府不適當地幹涉了屬於自己自治範圍內的事務）的時候，司法介入經常成為解決爭執的合適途徑，司法機構多會視乎具體情況，權衡得失，做出判決。
關於曆史上形成的、傳統地被認為屬於大學自治範圍的事務，美國最高法院兩位法官弗蘭克福特和哈蘭1957年在Sweezy Vs.New Hampshire一案表達的協同意見中，提出的“大學的四項基本自由”，被奉為經典：“大學的任務即在於提供一個最為有益於思維、實驗和創造的環境。那是一個可以達成大學的四項基本自由——在學術的基礎上自己決定‘誰來教’‘教什麽’‘如何教’以及‘誰來學’的環境。”[2]