一般認為，現代高等教育起源於中世紀大學。中世紀大學在當時被稱為“教師與學生的組合”（Universitas Magistrorum et Scholarium）。開始的時候是教師和學生為了研究、學習和教授高級專業知識自發組織起來的，具有行會的性質。行會是從事同一行業的人，為了維護共同利益而組織的團體，具有一定程度的自治性。當時國家權力弱小，法律製度和行政形態尚未完備，許多人為了保護自己的利益，加入各種團體，行會是這些團體中重要的一種。
這些大學在社會中的影響力越來越大，教皇多出於這些大學，法律、醫學和神學的高級從業人員也多出於這些大學，使這些大學比一般的行會享有更為崇高的地位，它們在社會上和政治上受到優待。
歐洲中世紀文化敗落，這些大學是當時文化和知識領域非常稀缺的資源，教會和世俗統治者都很需要這種資源。中世紀大學經常遊刃於教會與世俗統治者之間，以及世俗統治者之間的衝突和鬥爭中，為自己爭取到了不少特權。比如，1158年，神聖羅馬帝國皇帝腓特烈一世（Frederick Barbarossa Ⅰ）下令對博洛尼亞大學法科的學生給予“特別保護”，並給予大學“免除一般裁判權之適用”的特權。這意味著，在一般情況下，大學具有對其學生和教師的獨立審判權。大學的學生與校外人員或學生與學生之間發生訴訟時，由大學審理，學生和教師不受校外法律的約束。在當時，這被認為是大學不容侵犯的權利之一。1209年，牛津大學學生涉嫌殺人，警察入校捕人，引起學校與市政當局的爭執，未獲解決，部分師生遂遷至劍橋，成立劍橋大學。除了獨立的審判之外，大學師生通常還有免除兵役和賦稅的特權。
大學自主管理學校的事務。當所在城市政府或領主違背學校意願，插手學校事務的時候，大學可采用“課業停止”以及遷移等手段與政府對抗。這些方法往往可以迫使城市當局做出讓步，因為大學可以為城市或領主帶來許多好處，“他們是一批不容忽視的經濟上的主顧、能夠為培訓顧問和官員提供教育市場、為城市帶來赫赫聲望”[1]。當然，其他地方也會以更優惠的條件吸引大學遷入本地。1229年，英國國王亨利三世（Henry Ⅲ）曾向巴黎大學的師生保證，凡遷入英國者，可指定城鄉地點作為“安身之所”，並有種種安全立法，讓大學師生“安享自由及太平之幸福”。這使得大學所具有的自治權和特權日益擴大，在當時甚至類似於“國中之國”。[2]