學術自由是一種積極價值，它對學者的研究工作、教育工作、知識的進步、社會的發展都非常重要。保護學術自由已經成為政府、社會和學校的共識。但是，對學術自由的挑戰依然無時不在，而且，這些挑戰經常有相當充分的理據，甚至是以維護與學術自由具有同樣重要性的積極價值為名。學術自由似乎並不具有絕對價值。
在美國的司法實踐中，普遍認為學術自由受憲法第一修正案的保護，但是，即使是第一修正案本身，也不是一個至高無上的憲法原則，它也受到其他憲法原則的競爭。研究美歐憲政體係的張千帆教授說：
我們可把第一修正案的言論自由保障想象為公民的“盾”，而把憲法允許的必要限製權力設想為政府的“矛”。因此，法院需要探討的中心問題是：公民的第一修正案之“盾”究竟包含多大範圍的言論自由、且這塊盾牌究竟多麽堅固，來抵禦政府出於實際需要而控製或懲罰言論的“矛”。顯然，世上既沒有“物無不陷”的矛，也不存在“物莫能陷”的盾。言論自由及其限製權力亦是如此。“矛”“盾”交鋒，何者取勝，必然取決於社會的法治傳統以及實際需要。[1]
在德國，盡管基本法明確了對科學、研究自由的保護，且無法律保留之規定，但是，人們通常還是認為，研究的自由仍適用於“基本權利的內在限製”（grundrechtsimmanente Schranken），即受到來自其他基本權利或其他憲法價值（如國家生存和自由民主基本秩序）的“憲法體係上的限製”（verfassungssyetematische Schranken）。當保證學術自由與保護他人受憲法保護的權利產生衝突的時候，必須依據基本法的價值秩序標準，且保證憲法價值一致性，經由憲法的解釋來解決。在此緊張關係中，學術自由對於與其相衝突的受憲法保護的價值，並不能永遠居於優先地位。[2]