想要建設現代學校製度，落實學校的辦學自主權，就必須克服學校的行政化傾向，完善政校分開，管辦分離的新型管理體製。作為高等學校來說，還要處理好行政權力和學術權力的關係，探索教授治學的有效途徑，充分發揮教授在教學、學術研究和學校管理中的作用。
（一）克服學校行政化傾向的動因
1.學校的行政化傾向過強損害了學校的辦學自主權
學校的行政化傾向過強，學校校長和教職員工的職級與行政級別掛鉤，學校成為行政部門的延伸，導致學校過於依賴上級行政部門的指揮和命令，損害了學校的辦學自主權。辦學自主權對於提高學校的辦學質量是十分重要的，尤其對於高等教育來說，它是建設高水平大學的重要保證。德國的柏林大學能夠在短短幾十年的時間成為世界大學的典範，一個重要原因就是這所學校享有高度的學術自治和辦學自主權。正如洪堡的一句名言所說：“國家不能直接希望從大學獲取它所需要的東西，隻能希望等到大學實現自己的目的以後，大學才能真正為國家提供所需要的東西。”[29]大學作為高級人才培養和知識生產的基地，隻有具備辦學自主權才能擺脫一切不合理的幹預，在探求真理的道路上大步前行，更好地引領社會，並為國家的發展作出貢獻。
2.學校的行政化傾向過強不利於營造健康的校園文化
行政權力淩駕於學術權力之上，使教育行政人員的權力膨脹，一個人隻要當上了領導就會在評教授、申課題、分房子等各方麵享有優先權，這導致一些教師和教授不再潛心教學和做學問，而是把精力放在奉承領導，爭取官位的事情上，結果是使校園文化不再是追求真理和新知，使人們不再專心學習和研究，嚴重阻礙了創新人才的培養和學校科研水平的提高。