已經辭去官職的惲毓鼎，對於時局的關注猶在許多身居高位、大權在握的當道之上，七月十二日（9月4日），他已經開始對“四川爭路風潮甚烈”感到擔心，並引發其對新政改製的批評。“此策創於郵部盛大臣，曾署名負責任。今當責成盛大臣妥辦，不能辦，則辭職，始合建國務大臣之本意。乃似以朝廷當其衝，監國憂煩，而部臣袖手，何必多此改製耶？”江南水災，饑民暴動，惲毓鼎覺得“天時如此，人事如此，猶複侈談立憲，舉內外政而紛更之。我瞻中原，蹙蹙靡所騁矣。中夜悲憤，不禁淚下。新學小生，以此愚監國而騙功名；監國閣臣，以此自愚而忘宗社。人心盡去，憲將誰立耶？”清廷命督辦大臣端方帶湖北新軍兩營入川彈壓曉諭，惲毓鼎敏銳地意識到：“此殊非計。兩營乃張彪所統軍，素乏紀律。吾恐保衛則不足，啟禍則有餘，亂其始此矣。”[16]
武昌文武官員相率棄城逃匿、而清廷悉置不問的消息，令惲毓鼎大為痛憤，“既無法紀，何以立國？悲憤填膺，手足俱冷。祖宗三百年締造艱難之天下，以三年而盡棄之，豈能不哭？恨不呼列祖列宗，放聲痛哭”。不過惲毓鼎特立獨行，所憤也與眾不同，“餘近日悲憤交迫，見人輒痛罵政府，以抒其忿，幾成狂易。嗚呼！大好江山，竟使纖兒撞壞之耶？……時政之顛倒錯亂，商人亦洞見之，豈政府反不知耶？無他，徇私嗜利之心勝，遂置祖宗基業於不顧耳。”（553）在惲毓鼎看來，禍根在於新政，“三年新政，舉中國二千年之舊製，列聖二百年之成法，痛與剗除，無事不紛更，無人不徇私，國脈不顧也，民力不恤也。其為害，智者知之，愚者知之，即當權之大老亦未嚐不知之。所不知者，我監國及四親貴耳（洵、濤、澤、朗）。大老知而不言，廷臣言而不聽。日朘月削，日異月新，釀成土崩瓦解、眾叛親離之大局，而吾屬橫被其憂。念及此，不禁放聲痛哭。罪魁禍首則在張之洞、張百熙之力主令學生留學東洋。”（555）