好不容易熬得布政使的實缺，躊躇滿誌地趕赴湖南上任的鄭孝胥，抵達任所長沙才剛剛三天，就接到湖廣總督瑞澂的密電，因為內閣要重新厘定外省官製，請各省派員到京，以備谘詢，瑞澂希望鄭孝胥代表其前往應對。鄭孝胥複電表示宜抱定前奏“中央集權，各省分權，邊省全權”的政策，專委李宣龔一行即可。在瑞澂的堅持之下，鄭孝胥隻得勉強答應北上。他於閏六月廿五日（8月19日）啟程，廿七日抵達漢口時，四川反對鐵路國有的風潮漸起，“渡江謁莘帥，示川路諸電。王人文附和川人，抗拒國有之舉，趙爾豐為之代奏。川人益橫，欲逐李稷勳。莘帥與午帥會奏：請飭川督懍遵前旨。而廷旨甚怯，實不擔責任也。莘帥奏飭李稷勳勿停路工，而令宜昌禁開會、止暴動，乃漸定。”[4]
讓鄭孝胥始料不及的是，這些波瀾隻不過是川路風潮驚濤駭浪的前奏。作為鐵路督辦大臣奉命帶隊入川的端方擬請鄭孝胥為川漢、粵漢鐵路總參讚，鄭孝胥則希望端方用其獻策，而不必加以參讚之名。到京後，鄭孝胥繼續與載澤、盛宣懷等人談統一國庫及理財行政分科之法，商議對付四川抗路的辦法，積極出謀獻策。盛宣懷對鄭孝胥表示：“北京少公不得，湖南想可不往。”（1340）而奉旨督川的端方也力邀鄭一同入蜀。鄭孝胥雖然推辭，卻獻計“蜀事似宜嚴拿罷市罷課之主動者，俟平靜後，從寬辦結”。（1342）
鄭孝胥不願入蜀，當然是不想趟此渾水，而托詞一方麵是認為外官製關係全局，願竭其所見，終始其事，另一方麵，覺得蜀本無亂，不必勞師動眾。可是此時蜀亂已成，鄭孝胥聽來訪的趙熙言鄧孝可、蒲殿俊等人被拘，求其緩解，遂致電端方，告以川路諸人各有隱情，似宜保全，以為轉圜之地。而端方卻內心方寸大亂，畏縮不前。鄭孝胥心知不妙，致函盛宣懷：“竊見午帥內懷疑怯，智勇並竭，如強遣之，必至誤事。請公切言於中樞，日內須速另籌辦法，萬勿大意。亂本易了，措置失宜，或釀巨禍。王、趙已誤於前，政府複誤於後，則蜀事敗矣。”（1344）這一次鄭孝胥倒是不幸而言中。當日清廷加派岑春煊赴川，鄭孝胥又和盛宣懷商議辦法，電告岑“宜乘商輪直赴宜昌，換輪入重慶。派兵直修電線，通至成都，一麵用告白解散亂黨。不過一月，亂可定矣。”（1344-1345）