哲學史料既經審定，還須整理。無論古今哲學史料，都有須整理之處。但古代哲學書籍，更不能不加整理的工夫。今說整理史料的方法，約有三端：
(一)校勘 古書經了多少次傳寫，遭了多少兵火蟲魚之劫，往往有脫誤、損壞種種缺點。校勘之學，便是補救這些缺點的方法。這種學問，從古以來，多有人研究，但總不如清朝王念孫、王引之、盧文弨、孫星衍、顧廣圻、俞樾、孫詒讓諸人的完密謹嚴，合科學的方法。孫詒讓論諸家校書的方法道：
(二)訓詁 古書年代久遠，書中的字義，古今不同。宋儒解書，往往妄用己意，故常失古義。清代的訓詁學，所以超過前代，正因為戴震以下的漢學家，注釋古書，都有法度，都用客觀的佐證，不用主觀的猜測。三百年來，周秦兩漢的古書所以可讀，不單靠校勘的精細，還靠訓詁的謹嚴。今述訓詁學的大要，約有三端：(一)根據古義或用古代的字典(如《爾雅》、《說文》、《廣雅》之類)，或用古代箋注(如《詩》的毛、鄭，如《淮南子》的許、高)作根據，或用古書中相同的字句作印證。今引王念孫《讀書雜記餘編》上一條為例：
這一則中引古字典一條，古書類似之例五條，古注四條。這都是根據古義的注書法。(二)根據文字假借、聲類通轉的道理。古字通用，全由聲音。但古今聲韻有異，若不懂音韻變遷的道理，便不能領會古字的意義。自顧炎武、江永、錢大昕、孔廣森諸人以來，音韻學大興。應用於訓詁學，收效更大。今舉二例。《易·係辭傳》“旁行而不流。”又《乾·文言》“旁通情也。”舊注多解旁為邊旁。王引之說：“旁之言溥也，遍也。《說文》‘旁，溥也’。旁、溥、遍一聲之轉。《周官》男巫曰：‘旁招以茅’，謂遍招於四方也。《月令》曰：‘命有司大難、旁磔’，亦謂遍磔於四方也。……《楚語》曰：武丁使以夢象‘旁求四方之賢’，謂遍求四方之賢也。”又《書·堯典》“湯湯洪水方割”；《微子》“小民方興，相為敵仇”；《立政》“方行天下，至於海表”；《呂刑》“方告無辜於上”。舊說方字都作四方解。王念孫說：“方皆讀為旁。旁之言溥也，遍也。 《說文》曰：‘旁，溥也。’旁與方古字通（《堯典》“共工方鳩僝功”，《史記》引作旁。《皋陶謨》，“方施象刑惟明”，新序引作旁)。《商頌》‘方命厥後’，鄭箋曰：‘謂遍告諸侯。’是方為遍也。……‘方告無辜於上’，《論衡·變動篇》引此，方作旁，旁亦遍也。”以上兩例說方旁兩字皆作溥、遍解。今音讀方為輕唇音，旁為重唇音。不知古無輕唇音，故兩字同音，相通。與溥字、遍字，皆為同紐之字。這是音韻學幫助訓詁學的例。(三)根據文法的研究。古人講書最不講究文法上的構造，往往把助字、介字、連字、狀字等都解作名字、代字等等的實字。清朝訓詁學家最講究文法的，是王念孫王引之父子兩人。他們的《經傳釋詞》用歸納的方法，比較同類的例句，尋出各字的文法上的作用，可算得《馬氏文通》之前的一部文法學要書。這種研究法，在訓詁學上別開一新天地。今舉一條例如下：