寅恪先生的佛學研究也帶有很強的民族主義（nationalism）傾向，或者更準確而言帶有文化民族主義傾向。這裏所說的文化民族主義，乃是以文化作為本民族身份認同的中心要素，而其具體表現在民族學術、文學藝術的發展和弘揚。在研究寅恪學術的個案中，即主要指其學術研究中完全以本民族、本國地區為中心。寅恪的文化民族主義可能受到德國近代思想家赫爾德影響[53]，和文獻主義一樣，這與他在德國的學術訓練緊密聯係。
這種文化民族主義受寅恪本人對近代社會的感同身受影響。當時中國處於政治經濟和文化上相對於歐美日本的落後狀態，寅恪痛惜國人不得不去日本學習“國史”，而他對於百日維新的失敗、清軍在甲午戰爭的戰敗、巴黎和會中國外交的失敗等均有深刻體驗。作為一名學者，他企盼在學術研究中能扮演保存國史的角色，使中華的民族文化能在民族麵臨深重危機的近代能夠有所保存和彰顯[54]。
以語言和文獻而論，寅恪先生雖然熟悉梵文、巴利文，藏文[55]，但他治學的重點仍然是漢地的漢文文獻、漢傳佛教。從治學所關注的地域而言，寅恪不重視南亞特別是印度、斯裏蘭卡，其他東亞佛教傳統如韓國佛教、日本佛教則更不在他興趣之內。雖使用巴利文材料但不注重印度及南亞佛教曆史。即使是研究西域佛教的西方學者，也對陳十分不熟悉。如王邦維先生說，“因為專業的關係，我讀過一些歐洲學者研究西域佛教的著作或文章，其中一些研究作得非常好。但我有一個印象，或者說遺憾，這些學者幾乎不知道陳先生，當然也就很少能把與他們的研究有關的陳先生的成果吸收到他們的著作中去。”[56] 關鍵在於寅恪的關注點其實並不在西域地區，而在漢地，在中原。他用功的重點是佛教漢文文獻，使用梵文和藏文、蒙文文獻不過是為閱讀漢文文獻作參證。