近代思想和學術的變化當然受到現代性的影響，和佛教直接相關的問題主要表現在以下一些方麵。首先，官方神學逐漸走向衰落，這主要表現在儒家權威的喪失。這種喪失除了受到西方政治與社會思想的衝擊之外，也表現在這種權威賴以生存的政治製度的解體，即科舉製度的解體[118]。因為西方政治和社會思想的衝擊導致晚清出現托古改製和維新變法的新思潮[119]。科舉製度的解體使傳統士人學習儒家《四書》、《五經》進入官府的路途出現中斷。這可以看作是世俗化的一種表現。
其次，中國逐漸走出帝製時代，轉向民族國家的建構，對於民族和國家政權的認識也轉向在現代政治論述和製度下對其重新定義。中國知識階層開始重新認識中國的民族問題、政權問題。至少在民族問題上，民國初期基本上已經很少有人還鍾情於排滿，五族共和的觀念較為深入人心。中國的知識階層也開始重新認識自身民族與其他民族的關係。至少從寅恪的著作來看，他不是很強調漢族的主體性，但也並未明顯地偏向使用民國以來逐漸構建的中華民族主體性，他更多是提及作為國族的中國民族。
最後，進化論的曆史觀念在四方社會思想的傳入下影響了許多人重新思考中國曆史的發展，也包括中國宗教、中國佛教的發展，還包括重新思考中國的宗教與其他宗教、哲學思想的比較問題，以及在這一比較背景下對中國宗教和佛教進行重新定義的問題[120]。在這一背景下，我們可以更為清楚地看到當時中國佛教學界所麵臨的困境和挑戰。中國佛教界不得不對近代宗教特別是基督教、哲學、科學都作出其應對。其中科學即包括自然科學，也包括西方傳來的“科學的佛教研究”或者“近代佛教學”。因為這種學問全麵改變了人們對印度古代宗教、語言和文化的認識。