太炎學派代桐城派而興，是民初中國學術界的革命性變化，作為曆史的進步，兩派之間學術觀念的差別顯而易見，因此人脈關係上清楚地劃分楚河漢界也容易理解。那麽，傅斯年的史學革命，學術思想究竟哪些方麵超越前人，這是當年傅斯年極力強調，近來也有學者為之發揚，但爭議仍然不少，事實並未厘清的關鍵問題。
學者已經注意到，《旨趣》隻是傅斯年關於史語所的工作綱領，而不能視為他的全部史學思想或觀念的完整表述。[1]而且傅氏為了營造別開生麵的效果，遣詞造句不無語不驚人誓不休之嫌，從學理上看，偏激過頭的話不在少數。他反對的三個方麵，即國故、疏通、普及，固然和不少人存在分歧，但他所主張的三點，如直接研究材料和事實，擴張研究材料，擴張研究工具，已經是包括太炎弟子和古史辯派在內的新文化派公認的規則。雖然傅斯年一味著力於劃清界限，還是有學者指出其史學革命與以整理國故為標榜的國學運動之間的淵源繼替關係。[2]
關於這一問題，近來學術界不無爭議。中央研究院曆史語言研究所與中山大學語言曆史研究所存在直接淵源，顧潮依據其父的《頡剛日程》，指出原來董作賓從內容推測“必是孟真的手筆”的《國立第一中山大學語言曆史學研究所周刊》的《發刊詞》（該刊第1期，1927年11月1日），其實是顧頡剛的作品。[3]對此杜正勝別有見解，他認為，發刊詞的著作權歸屬和執筆人雖然可以斷定，“唯該發刊詞所體現的學術方向：‘要實地搜羅材料，到民眾中尋方言，到古文化的遺址去發掘，到各種的人間社會去采風問俗’，不能說顧頡剛不可能有，但把語言曆史學提出來當作該研究所的綱領，卻非歸屬傅斯年專利不可。發刊詞且認定這兩門學問‘和其他的自然科學同目的、同手段’；治學態度上宣示‘沒有功利的成見，知道一切學問不都是致用的’；治學方法則要‘承受［了］現代所［研］究所［學］問的最適當［的］方法’。這些絕對是‘傅斯年式’的，不是顧頡剛的蹤影。……主張普及和致用的顧頡剛這時寫下上述的宣示，顯然是替傅斯年說話，可能因為傅是所長，秉其意思作文。所以《中山大學語言曆史研究周刊》發刊詞的著作權不能如實地按《頡剛日程》所記的認定”。[4]