1954年11月13日，胡適在複洪業的信中說：“十年來，我重審《水經注》一案，雖然有幾分為人辯冤白謗的動機，其實是為了要給自己一點嚴格的方法上的訓練。”[1]但比較十年前他寫給王重民的信，開始目標顯然不在律己。他說：“我的主要目的還是要為考證學方法舉一組實例，為東原洗冤還是次要目的也。”[2]
胡適一生，始終想將自己與科學方法相聯係，而與前人有所分別。因為成心立異，前後主張有時便不能一以貫之。他早年承認“清代的‘樸學’確有‘科學’的精神”，其通則便是在假設的前提下運用歸納的方法，並據此總結出“（1）大膽的假設，（2）小心的求證”的十字名言。此法倍受各方批評，雖為胡門招牌，具體內容和實例卻均來自前人，而且不包括科學方法的另一重要部分——實驗。[3]所以1923年胡適代表國學門全體作《〈國學季刊〉發刊宣言》，就主張借鑒歐美日本的科學方法，以改變沒有條理係統和缺乏比較參考的清學弊端。寫於1928年的《治學的方法與材料》，胡適雖然堅持科學方法的應用仍是“大膽的假設，小心的求證”，卻認為東西方的材料完全不同，一為文字，一為實物，結果實物的材料導致實驗的方法，引起不同的結果。
重審《水經注》案後，胡適更認為在他之前，“根本上還是考證學方法不曾上科學的路子”。[4]對此他後來解釋道：審案“也是借《水經注》一百多年的糊塗官司，指出考證的方法，如果沒有自覺的批評、檢討、修正，那就很危險”。[5]許多有名的學者之所以犯大錯誤，“根本原因在於中國考證學還缺乏自覺的任務與自覺的方法。任務不自覺，所以考證學者不感覺他考訂史實是一件最嚴重的任務，是為千秋百世考定曆史是非真偽的大責任。方法不自覺，所以考證學者不能發覺自己的錯誤，也不能評判自己的錯誤。”方法的自覺即自我批評，自我檢討，自我修正。實驗的方法就是一種自覺的方法。社會人文學科往往無法實驗，因此不但要小心地求證，還得要有批評的證據。