一般認為，胡適研究《水經注》是出於鄉誼，為安徽鄉前輩戴震辯誣。這也是他本人主動交代的“作案動機”。他曾當眾聲明：“我審這個案子，實在是打抱不平，替我同鄉戴震（東原）申冤。”[1]然而，提倡皖人治皖學的胡適，畢竟已成中國新文化的權威，愛護鄉賢的畛域之見不能說絲毫沒有，卻很難成為鍥而不舍的動力支撐，令人懷疑其別有隱情而欲借此掩飾。或者說，為戴震洗雪不白之冤隻是表麵的托詞，真實原因要深刻得多。
揭開此案的關鍵之一，首先是時間的判定。胡適在前後十餘年間，多次刻意強調他重審《水經注》案，是從1943年開始。[2]因為這年的11月，王重民致函胡適，並寄呈所撰《水經注箋趙一清校本提要》一文。胡適在來函上批道：
重民此信與此文。作於民國卅二年十一月，寄到後，我寫了長信給他，表示此案並不已成定讞，後來我費了五、六年工夫來重審此案，都是重民此信惹出來的。[3]
當時胡適還托王的夫人劉修業抄錄了他寫給王重民的兩封信，並且說明：“因為是我重審戴校《水經注》全案的開始，……留作一個紀念。”[4]加上1937年胡適曾致函編輯北京大學《國學季刊》的魏建功，談到他對孟森有關論文的看法，說：
我讀心史兩篇文字，覺得此案似是已定之罪案，東原作偽似無可疑。古人說，吾愛吾師，吾尤愛真理。東原是絕頂聰明人，其治學成績確有甚可佩服之處，其思想之透辟也是三百年中數一數二的巨人。但聰明人濫用其聰明，取巧而諱其所自出，以為天下後世皆可欺，而不料世人可欺於一時，終不可欺於永久也。[5]
勸魏不必懷疑孟森的判斷。因而有學者相信前此胡適對該案未曾懷疑。[6]
但也有學者察覺到胡適開始注意《水經注》案的時間早於上述。因為楊家洛在《水經注四本異同舉例》一文中說：“民國二十五年（1936），胡適之先生過滬，謂將為東原撰冤詞。”認為盡管胡適標榜“大膽懷疑”，總要有過一番研究，才知道戴震有冤。[7]對於1937年的致魏建功函，有的學者細心地注意到，胡適“用了一個‘似無可疑’的詞來表達自己的意思，這又說明他對此案並非完全同意，還有保留的餘地”。[8]比較1943年胡適複王重民函，可見這種揣測並非無中生有。胡適說：