廈門大學國學院風波，就事件本身而言或許並無深刻的實質意義，但放寬眼界，此事背後則蘊含著中國政治與學術重新分化組合的重要轉折。如何處理二者的關係，確是當時中國學人麵對的一大難題。
五四新文化運動所提倡的新思想、新文化，在形式和內容上都是政治與學術相混合的產物。因而不同派係和觀念的人物可以組合到一起。隨著形勢的變化和矛盾的發展，認識的歧異自然而然地變得難以協調，離異甚至分裂在所難免。
新文化運動的核心主要是北京大學的一批學者，其內部大致可分兩派，一是民初尤其是蔡元培長校以來逐漸取代桐城派而興的太炎門生，一是陳獨秀、李大釗、胡適等新進。後來陳、李二人脫離北大，胡適無形中成為後一派的代表。雙方對於學術和政治的看法互有異同，在麵對校內外反對勢力時還能一致對外，但在許多問題上不僅存在分歧，而且時有衝突，甚至各派內部（尤其是後一派）意見也不統一。由此演變而來的北京大學內部的黨派糾葛，如法日派與英美派、“語絲派”與“現代評論”派、浙籍與他省等，相互纏繞，異常複雜，令不少學人將任教北大視為畏途。
在籍在係的魯迅，隻是北大的講師，嚴格說來，並非北大派的正牌。不過他與陳源的衝突，確實反映了北大派內部的進一步分裂。對於魯迅、陳源、周作人之間“深仇也似”的筆戰，盡管胡適寧可相信各自動機的“正誼”，仍直言離題越來越遠，是無意義的無頭官司，是減損自己的光和熱的自相猜疑，自相殘害。他呼籲論戰各方：“我們的公敵是在我們的前麵；我們進步的方向是朝上走。”“不要回頭睬那傷不了人的小石子，更不要回頭來自相踐踏。”[1]魯迅雖然沒有公開批駁胡適，對於諸如此類的論調絕對不以為然。從他對林語堂、周作人、陳源等人的尖銳抨擊與諷刺，可以想見胡適的主張必然在其鋒芒所向的範圍之內，也是屬於正人君子的假麵。